La página oficial de nomenclatura del gen HUGO dice que GPR172A (receptor de gamma-hidroxibutirato) y SLC52A2 (transportador de riboflavina, miembro 2) son lo mismo. La secuencia reportada por Andriamampandry parece ser la misma, pero no encuentro otra evidencia. ¿Alguien puede iluminarme?
(Me pregunto si debería agregar la información de SLC52A2 a la página de Wikipedia del receptor de GHB ).
Este no es un caso de empalme de genes que cause diferentes variantes de proteínas. En los estudios que identificaron estas dos funciones (sensibilidad al GHB y transporte de riboflavina), estaban usando ADN derivado de ARNm (ADNc), lo que significa que lo que se expresaba en sus experimentos no tenía intrones, por lo que no había posibilidad de empalme alternativo.
Este gen tiene una historia extraña, aquí está el resumen:
Takeda y compañía. descargar una copia del genoma humano y traducirlo en busca de GPCR. Observan todos los ORF que NO tenían intrones: "Recolectamos marcos de lectura abiertos (ORF) sin intrones, que eran lo suficientemente largos como para cubrir los GPCR del genoma humano". También solo miran cosas con 6-8 hélices transmembrana según lo determinado por el programa de predicción SOSUI. Uno de los GPCR que encontraron se denominó hGCRP41 (proteína hipotética similar a GPCR) número de acceso: AB083623 . Informan que probablemente tiene 8 hélices transmembrana y 418aa. Esta proteína probablemente no existe porque leyeron directamente dos intrones en su análisis. La proteína también termina en medio de un exón con marco de lectura desplazado.
A continuación, Ericsson et al buscan receptores para el retrovirus endógeno porcino y encuentran este gen. Usaron cDNA para hacer un montón de líneas celulares transducidas que tenían diferentes cDNA humanos expresados. Encontraron dos proteínas relacionadas que podrían servir como receptores del retrovirus endógeno porcino. Llamaron al primero HuPAR-1 , que tiene 445 aa de largo y 11 hélices transmembrana. Esta es la longitud de una de las variantes de corte y empalme adecuadas de este gen.
Andriamampandry está buscando receptores de gammahidroxtbutirato (GHB) mediante el uso de ADNc y observando qué células transducidas con ADNc se vuelven sensibles al GHB. Encuentran dos buenas proteínas que son sensibles al GHB, GHBh1 y C12K32. GHBh1 es idéntico a HuPAR-1 , tiene 445aa y 11 hélices transmembrana. C12K32 es una versión con marco desplazado de GHBh1 que es un poco más larga, pero tiene la misma cantidad de hélices. Anteriormente habían encontrado un ortólogo 512aa en ratas , en 2013.
Finalmente, tenemos a Yao et al, quienes buscaron homólogos a sus transportadores de riboflavina. Encontraron uno en una biblioteca de ADNc y tenía 445 aa de largo. Pero al BLASTearlo se dieron cuenta de que la gente lo llamaba GPCR. Señalan que esto es extraño ya que tiene 11 hélices transmembrana, y continúan demostrando que es un transportador de riboflavina, y concluyen: "La función molecular de GPR172A aún no se ha determinado. Lo designamos hRFT3 (n.º de acceso de GenBank AB522904 ) basado en su caracterización funcional como se muestra a continuación. Este documento está en una forma bastante pobre, porque de alguna manera no abordan el documento de Andriamampandry que presentó datos que respaldan su función como GPCR.
Así que esta proteína, en esta formación de corte y empalme específica, se ha demostrado que es un receptor de virus, un receptor acoplado a proteína GHB G y un transportador de riboflavina. Es muy extraño que sea un GPCR con 11 dominios transmembrana... muy rara vez tienen más o menos de 7. Esperaría a que más estudios confirmen estos dos hallazgos antes de aceptar que esta proteína es una XXL. El pluriempleo de GPCR como transportador de riboflavina.
Es bastante común que un gen tenga varios nombres. No puedo decirlo con certeza, pero Jax y GeneCards también los enumeran como sinónimos, así que diría que es seguro decir que son lo mismo.
http://www.informatics.jax.org/marker/MGI:1289288
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC52A2
Editar en respuesta al comentario:
En eucariotas de nivel superior, la gran mayoría de los genes tienen más de una isoforma como resultado del corte y empalme alternativo, y esto puede cambiar drásticamente la secuencia de proteínas y la función de esa proteína. Entonces, incluso si proviene del gen, dos isoformas diferentes pueden tener funciones completamente independientes.
Según ensembl, este gen tiene 14 isoformas.
http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?g=ENSG00000185803;r=8:145577795-145584932
Por supuesto, también podría haber algún tipo de modificación postraduccional que también podría cambiar la función, pero diría que lo más probable es que si el mismo gen produce dos proteínas funcionales diferentes, se debe a un empalme alternativo.
Michael Kuhn