¿Cuál es la diferencia entre una proteína y un factor?

TLDR: Hasta donde yo sé, no hay una razón específica por la que algunas proteínas se llamen "factores"; es solo una cuestión de qué nombre se eligió.

"Proteína" es un término específico que significa una larga cadena de aminoácidos. Por lo general, tienen al menos 50 aminoácidos de largo.

Por el contrario, la palabra "factor" es un término bastante vago y es tan amplio como incluso ser "un elemento de algo" . Entonces, esencialmente cualquier cosa en biología, desde un químico hasta la temperatura , podría llamarse factor.

En el contexto de la bioquímica, un factor es una "sustancia que participa en una reacción bioquímica... ...o proceso" . Esto podría incluir todo, desde proteínas y enzimas (por ejemplo , EGF ), hasta productos químicos no proteicos, como sustratos y cofactores. Incluso Ca$^{2+}$ (factor de coagulación IV) y óxido nítrico/ácido araquidónico/etc. (EDHF) caen bajo este paraguas: ¡un solo ion está lo más lejos posible de una proteína! Muchas proteínas también reciben la etiqueta de "factor". De hecho, la Proteína C ha sido nombrada tanto " Proteína C" como " factor XIV de coagulación de la sangre".

Una de las razones por las que varias proteínas han sido llamadas "factores" es que la palabra factor solía usarse para referirse a los genes . Especularía que otra razón puede ser que ciertos nombres y acrónimos ya estaban en su lugar. Por ejemplo, proteína C frente a factor C o proteína de unión a CREB (CBP) frente a factor de unión central (CBF) .

Pero mientras la denominación de las proteínas esté estandarizada, no veo ninguna razón por la que no debamos usar acrónimos para describir las proteínas. Después de todo, los nombres de las proteínas pueden ser engañosos (por ejemplo , Sonic Hedgehog ), y existe una gran confusión en la literatura entre los nombres de las proteínas .

Respuesta corta

No existe una convención de nomenclatura acordada para las proteínas: existen algunos estándares aproximados porque, en el lenguaje, las personas generalmente intentan transmitir sus ideas de una manera que otros puedan entender, pero eso no significa necesariamente reglas fijas.

Respuesta más larga

Creo que es importante reconocer que el proceso para comprender lo que hacen las proteínas no siempre es sencillo. La mayoría de las veces, la función de una proteína se comprende primero al ver qué sucede si esa proteína está ausente (y, a veces, sobreexpresada).

La terminología factor implica que una proteína está modulando un proceso o al menos no es suficiente por sí misma para un proceso. Es decir, se nombra porque cuando se omitió, cambió algún otro proceso medible. Tal vez implica algo que tiene su función principal al unirse, en lugar de catalizar una reacción química, o al menos que el mecanismo de acción real aún no se conoce en el momento de nombrarlo.

No esperaría, por ejemplo, que una enzima con un objetivo conocido se llamara factor: lo más probable es que se nombre de acuerdo con su objetivo y el tipo de reacción que se cataliza.

Sin embargo, es posible que un nombre se mantenga cuando hay una comprensión menos completa. Algo podría llamarse factor inicialmente debido a cómo influye en algún proceso, pero la contribución real solo se comprende más tarde. Solo como ejemplo, tome el factor de complemento I. Inicialmente llamado así porque tenía algún papel en el sistema del complemento, ahora se sabe que escinde enzimáticamente otra proteína.

Es importante destacar que aquí no hay una terminología pura o una convención de nomenclatura consistente: en la mayoría de los casos, simplemente se remonta a la forma en que la primera persona que describió la proteína la discutió. Algunas proteínas se nombran (de manera controvertida, agregaré) cosas como Sonic hedgehog , relacionadas con la vía de señalización de Hedgehog con un nombre similar, que se nombra debido a la descripción creativa de una persona / grupo de un fenotipo de mosca de la fruta relacionado.

Nombrar algo como "proteína" solo identifica que es una proteína, poco más.

Respuesta corta
Todos los factores son proteínas, no todas las proteínas son factores

Antecedentes
Un factor es típicamente una proteína pequeña que regula una proteína diana más grande directamente al asociarse específicamente con ella, o indirectamente al afectar su sustrato. Por ejemplo, los factores proteicos juegan un papel clave en la síntesis de proteínas (Berg et al ., 2002) y véase la Fig. 1.:

• Un factor de iniciación se une al ribosoma de múltiples subunidades mucho más grande y más complejo durante el inicio de la traducción, una parte de la biosíntesis de proteínas (fig. 1);
• Un factor de liberación termina la traducción por el ribosoma al reconocer el codón de terminación o el codón de parada en una secuencia de ARNm.
• Un factor de transcripción es una proteína que regula la ARN polimerasa mucho más compleja y más grande . Los factores de transcripción controlan la tasa de transcripción de la información genética del ADN al ARN mensajero, al unirse a una secuencia de ADN específica.

<sub>Referencia
- Berg et al ., Bioquímica , ^5ª ed. Nueva York: Freeman (2002)</sub> <

^{Fig. 1. Los factores de iniciación son proteínas relativamente pequeñas que interactúan con el gran complejo ribosómico de múltiples subunidades. fuente: Conceptos de genética}

Hay al menos dos razones por las que ciertos compuestos históricamente fueron nombrados de la manera 'función - factor '.

1. Cuando se tiene algún preparado impuro que ejerce una función biológica pero se desconoce la naturaleza química del componente responsable.

Por ejemplo, un factor de crecimiento desconocido podría ser una proteína, pero también podría ser un esteroide, etc.

2. Como un contraste deliberado con la enzima para enfatizar que la actividad no es catalítica. El punto aquí no es la oposición a un tipo diferente de proteína.

Por ejemplo, en la síntesis de ADN o ARN, tiene las enzimas reales (polimerasas de ADN y ARN) que funcionan catalíticamente para formar enlaces fosfodiéster, y luego varias proteínas accesorias que se requieren para unirse a regiones específicas de ADN, pero no catalizan ninguna reacción química. . En este caso, la palabra "proteína" no distingue la molécula de una enzima.

En los casos en que la necesidad de hacer tales distinciones no sea evidente para un científico que ha establecido la naturaleza proteica de una actividad, puede haber optado por designarla como proteína para mayor precisión .

coda

Cuando un campo ha madurado lo suficiente, a menudo hay una iniciativa para racionalizar la nomenclatura. Esto es frecuentemente resistido por los creadores de la nomenclatura. A este respecto , se dice que Fritz Lipmann dijo que “cambiar de nombre es reescribir la historia”.