Sospechamos que está ocurriendo un evento de transcripción bidireccional en un lugar de nuestro organismo donde dos genes están directamente adyacentes entre sí. Los datos de anotación no están bien establecidos. La distancia intergénica es probablemente inferior a 200 pares de bases.
Los dos genes se expresan en direcciones opuestas entre sí. Sobre la base de los datos transcriptómicos preliminares, parece que un gen se está transcribiendo en exceso (¿3' UTR quizás?) en el gen adyacente, lo que posiblemente resulte en algún tipo de regulación transcripcional del gen adyacente.
Aquí hay un diagrama aproximado de lo que creemos que podría estar sucediendo:
------------------------==========gene A================>----------------------
----------------------------------------<====gene B=====-----------------------
Por supuesto, primero debemos confirmar esto mediante el diseño de cebadores para ver si esta sobretranscripción realmente está sucediendo.
Si esto está sucediendo, tenemos la intención de hacer algunos experimentos de derribo. No tenemos transgénesis disponible en nuestro organismo, solo RNAi por dsRNA. Es posible eliminar específicamente el genA introduciendo dsRNA en la región 5' del genA que no se superpone con el genB. Quizás esto conduzca a una expresión ectópica/sobreexpresión del genB.
¿Hay alguna forma de derribar geneB específicamente sin derribar geneA? Parece que el diseño de dsRNA para geneB derribaría tanto A como B.
¿Qué tan bien está anotado el gen A? ¿Tienes la secuencia del gen A (después de modificaciones postranscripcionales)? Si lo hace, puede solicitarlo a una compañía como DNA2.0 y lo sintetizarán por usted por $0.35/base. Luego, puede transformar las células con este plásmido y eliminar el gen B insertando alguna secuencia en la superposición de ~ 200 bases.
Además, supongo que puedes transformar la transcripción inmediata (sin modificaciones). También se modificará una vez que esté en la celda. Pero será más largo y costoso de sintetizar, pero hay algunos métodos que puede usar para hacerlo.
Déjame saber si esta idea te atrae. Puedo darte más información si estás interesado.
Si el gen B produce un producto de proteína, puede intentar diseñar un morfolino contra el 5'-UTR del gen B. Esto puede evitar el inicio de la traducción en el ribosoma ya que el morfolino obstruye la entrada del ARNm en el ribosoma. Puede detectar esto mediante transferencia occidental.
Si el gen B produce algún tipo de ARN regulador, deberá orientar la expresión del gen B al nivel del ADN. Si el gen B tiene sitios de empalme bien establecidos, un morfolino puede interferir con los potenciadores y silenciadores del empalme y, por lo tanto, debe producir un producto de ARN no funcional o deteriorado. Puede detectar variantes de empalme amplificando el gen B del ADNc.
Teóricamente, la ventaja de usar un morfolino se debe a su naturaleza monocatenaria. Los morfolinos diseñados contra el gen B no deberían tener efecto sobre el gen A debido a la falta de complementariedad.
Gergana Vandova
Damián Kao
usuario59
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