Inicialmente pensé que un dominio era una parte específica de una proteína, con una estructura terciaria dada, a la que una molécula determinada puede unirse. (Creo que recuerdo frases como "el dominio de unión al hemo de la proteína X..." ¿usado en conferencias?)
Habiendo consultado Wikipedia sobre dominios de proteínas, veo que la definición es un poco más sutil:
Un dominio de proteína es una parte conservada de una secuencia de proteína dada y una estructura (terciaria) que puede evolucionar, funcionar y existir independientemente del resto de la cadena de proteína. Cada dominio forma una estructura tridimensional compacta y, a menudo, puede ser estable y plegarse de forma independiente.
Puedo entender esto, sin embargo, la razón por la que comencé a cuestionar a qué se refiere realmente un 'dominio' fue porque si se usa en referencia a Sda en el control de la endosporulación de bacterias. En mis notas de clase, se afirma que "KinA está atado y desestabilizado por Sda, un objetivo de DnaA".
A partir de esto, tenía la impresión de que Sda es una proteína (aunque, según mi leal saber y entender, DnaA solo se une al ADN, por lo que no sé por qué Sda sería el objetivo de DnaA. De todos modos), por otro lado, Wikipedia dice "la proteína el dominio Sda es la abreviatura de supresor de dnaA o también conocido como inhibidor de esporulación A", lo que me parece sugerir que Sda es una parte de DnaA cuyas modificaciones permiten la supresión de DnaA.
Además, en Wikipedia, más tarde se escribe "El dominio de la proteína Sda es un punto de control que evita la formación de esporas". ¿Cómo puede una proteína, si Sda lo es, ser un punto de control?
Por otro lado, mis notas de clase más adelante hablan sobre la regulación de los niveles de Sda, por lo que nuevamente se hace referencia a ella como una proteína separada.
Apreciaría mucho si alguien pudiera explicar qué significa 'dominio' en este contexto.
Respuesta corta
Wikipedia ha empeorado innecesariamente una situación que ya era confusa. Sda es su propia proteína, está regulada por DnaA y evita la esporulación.
respuesta completa
No creo que su malentendido se base en el significado de 'dominio', la definición que da suena bastante razonable, sino más bien en el uso del término dominio con respecto a Sda y el nombre de Sda en sí, que estoy de acuerdo es bastante confuso y empeorado mucho por Wikipedia en este caso.
Sda es una proteína que inhibe la actividad KinA (Burkholder et al., 2001) y es una proteína completamente separada de DnaA. No veo dónde saltó de sus notas a la idea de que Sda es un dominio de DnaA, excepto de Wikipedia: no sé por qué Wikipedia piensa que Sda es un dominio de proteína, es una proteína. Es una proteína muy pequeña, por lo que tal vez sería apropiado pensar en ella como un solo dominio, pero no hay un solo resultado para "dominio de proteína Sda" en Google Scholar ; nadie más usa esta terminología. Una búsqueda completa en Google solo devuelve unos pocos (~150) resultados, la mayoría de los cuales son copias/traducciones directas de Wikipedia, o Wikipedia es una copia directa de ellos. Wikipedia puede ser útil, pero si comienza a causarle confusión, no asuma que es correcta.
La frase "KinA está unida y desestabilizada por Sda, un objetivo de DnaA" significa que Sda une a KinA y la desestabiliza, y señala que Sda es un objetivo de DnaA; dado que DnaA es un factor de transcripción, puede inferir que esto significa que DnaA controla la expresión de Sda de alguna manera.
En biología, un punto de control simplemente se refiere a un lugar donde se puede detener/detener un proceso, a menudo en referencia al ciclo celular. Sda se considera un punto de control porque cuando se expresa Sda, evita que las células esporulen evitando indirectamente la activación de Spo0A (Burkholder et al., 2001).
Otra fuente de confusión es que el nombre "supresor de dnaA" en Wikipedia es INCORRECTO , pero además, los biólogos moleculares a veces tienen una forma impenetrable de nombrar las cosas, debido a la complejidad del control de la expresión génica y la forma tortuosa en que se identifican las nuevas proteínas. y entendido.
El nombre correcto para sda es "supresor de dnaA1 ". dnaA1 NO es DnaA - dnaA1 es un ALELO MUTANTE de DnaA que da como resultado células que son completamente incapaces de esporular. ¡Pero! sda tampoco es Sda: sda es un ALELO MUTANTE que produce Sda no funcional (la proteína).
Citaré el título de la tabla en Burkholder et al:
Las mutaciones sda suprimen el defecto de esporulación de los mutantes dnaA1
O, dicho de nuevo, en los mutantes de dnaA1 , hay un defecto en DnaA que impide la esporulación. Los investigadores buscaron mutaciones que revirtieran este efecto. Encontraron uno y lo llamaron sda, porque invierte (suprime) el efecto de la mutación que estaban estudiando. Los efectos del mutante dnaA1 sobre la esporulación parecen ser causados por una mayor expresión de Sda, razón por la cual el mutante sda invierte el efecto.
Referencias
Burkholder, WF, Kurtser, I. y Grossman, AD (2001). Las proteínas de iniciación de la replicación regulan un punto de control del desarrollo en Bacillus subtilis. Celda, 104(2), 269-279.
David