¿Qué significan los colores en las representaciones de aminoácidos?

He visto secuencias de aminoácidos representadas usando colores, que imagino corresponden a si la cadena lateral está cargada, etc. Sin embargo, no puedo descifrar esto, y no soy biólogo ni bioquímico. He visto lo que parecen ser algunos esquemas de color diferentes en línea. ¿Existe un formato/esquema estándar como el del siguiente ejemplo?

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No creo que haya un estándar general para el código de color del aminoácido: existen diferentes convenciones y los autores de software o artículos pueden decidir usar las suyas propias. Puedes ver algunos ejemplos de códigos de color aquí . En cuanto a su ejemplo particular, diría que es más o menos un código de color personalizado, hecho para este caso particular.

Respuestas (1)

No existe un esquema de colores 'estándar' para los aminoácidos en el sentido de uno recomendado por una organización profesional o de estándares para bioquímicos. Hay varios esquemas utilizados en la práctica, ya sea por aplicaciones de software o por individuos, en función de dos criterios principales:

  1. Las propiedades del aminoácido que los colores pretenden indicar
  2. La elección de color del autor individual al expresar la similitud deseada.

El siguiente gráfico se tomó de una página que encontré en la web mediante una búsqueda aleatoria y se relaciona con un paquete de software en particular. Ilustra algunos esquemas de color posibles, ninguno de los cuales corresponde al de la pregunta.

Esquemas de color de aminoácidos

El esquema de 'Química' se centra en una visión de la química: acidez, basicidad, alifaticidad, aromaticidad, polaridad (amidas, etc.), aunque ha tenido que elegir clasificar la tirosina con triptófano en lugar de treonina. El esquema 'formal' se centra únicamente en el tamaño y la forma, mientras que el esquema de hidrofobicidad hace lo que su nombre indica. Los esquemas 'Zappo' y 'Taylor' (nunca antes había oído hablar de ellos) parecen ser ligeras variantes individuales de los dos primeros. El esquema de letras parece ser solo una forma de distinguir cada aminoácido con fines de identificación, y el software de gráficos moleculares (por ejemplo, Jmol ) generalmente permite colorear los aminoácidos a lo largo de una proteína de manera graduada desde (por ejemplo) rojo a azul para indicar la ruta. de la cadena (por ejemplo, en esta pregunta anterior en la lista).

Ah, y adopté otro esquema de compromiso (probablemente usando colores fácilmente disponibles en Excel ) para un artículo que publiqué en 2021 :

Otro esquema de color para los aminoácidos.

coda

Hay una tendencia en los esquemas que reflejan la química de los aminoácidos a usar azules para los aminoácidos básicos y rojos para los ácidos. Esto posiblemente refleja el código de color químico CPK ampliamente utilizado de azul para nitrógeno (como en grupos amino) y rojo para oxígeno (como en grupos carboxilo), y podría haber sido considerado como una ayuda para el reconocimiento. (Una explicación más simple podría ser una relación con el papel tornasol).

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