¿Cómo construir una estructura de proteína trimérica a partir de un archivo PDB monomérico?

Problema: tengo un archivo PDB, con un monómero, pero me gustaría mostrar la estructura completa, que es trimérica, pero no entiendo cómo fusionar/construir o combinar las unidades monoméricas en su estructura completa en COOT, SWISS -PDBviewer o Pymol?

Aquí hay un enlace al complejo de proteínas que estoy viendo.

Agradecería : Directrices sobre cómo hacer esto (preferiblemente en coot, pymol o Swiss-PDBviewer), o una referencia a un tutorial que realmente explique esto, ¡sería genial!

Como referencia: encontré algunas descripciones sobre cómo "compilar/combinar" con el visor Swiss PDB aquí . Y en hilos de esta discusión también encontré descripciones de cómo hacerlo con otras herramientas gráficas moleculares (aunque no lo entiendo completamente)

Lo que he intentado : en el tutorial para SWISS-PDBviewer ( enlace ), puedo seguir algunas de las instrucciones, pero no puedo seguirlas por mucho tiempo:

  • Subí tres del mismo archivo PDB en SWISS PDBviwerer (están superpuestos uno encima del otro)
  • Puedo acceder/ver las capas en la "información de capas"
  • Me dicen que abra el "icono de texto" para ver el archivo de texto PDB y busque las filas "mtrix", que deberían aparecer justo antes de las filas "átomo". Como se cita de las instrucciones:

" Desplácese hacia abajo en el archivo pdb hasta que encuentre las líneas MTRIX (están justo antes de las líneas ATOM). Puede ver 9 líneas MTRIX. Representan tres matrices de transformación y le permiten construir las simetrías no cristalográficas de la proteína"

No puedo encontrar las filas " mtrix" en el archivo de texto PDB, y tampoco estoy seguro de cómo seguir las siguientes instrucciones ( enlace ). No puedo hacer clic en ninguna parte del archivo de texto, luego aparece el error: " lo siento, no puedo reconocer ninguna información en la que se pueda hacer clic debajo de este puntero".

Esto es lo que veo arriba de la fila " átomo ":

ingrese la descripción de la imagen aquí

También descubrí que el estado trimérico se puede descargar como "ensamblaje biológico", sin embargo, todavía me gustaría saber cómo hacerlo por mi cuenta.

Respuestas (2)

No hay tarjetas MTRIX para esa molécula. Este parece ser el camino más fácil:

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=4G3Y

Descargar Archivos -> Ensamblaje Biológico 1

es decir:

http://www.rcsb.org/pdb/files/4G3Y.pdb1.gz

Y lea ese archivo en Coot (si lo desea)

Gracias por el enlace, pero como comenté en mi propia publicación, entiendo que puedo obtener el ensamblaje biológico (estructura completa). Pero, ¿qué es una tarjeta mtrix? y ¿por qué no es posible combinar los monómeros (debido a la falta de mtrix)? Estoy más interesado en cómo haría esto por mi cuenta, independientemente de que exista toda la estructura PDB. ¿Estás diciendo que no es posible con este archivo?

El archivo PDB solo contiene la unidad asimétrica y no contiene información sobre un posible multímero biológico relevante. Por lo tanto, deberá obtener información sobre el estado en solución experimentalmente.

Dicho esto, a menudo se puede deducir del tamaño de la superficie de contacto si tiene una estructura cuaternaria potencial. Puede hacerlo a mano, pero el servidor PISA es muy útil allí, y también generará el archivo PDB multimer:

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

Si solo desea aplicar operadores de simetría a su unidad asimétrica para crear relaciones de posición de simetría, puede hacerlo en

Pymol:
- click Action/generate/symmetry mates/within X Å
- from the command line:
        symexp prefix, selection, cutoff
        , e.g. symexp sym,1GVF,(1GVF),5
   see also http://pymolwiki.org/index.php/Symexp

Coot:
- if you just want to look at the symmetry mates, activate View/Cell&Symmetry with an appropriate radius and/or select "Symmetry by molecule"
- if you would like to actually create the symmetry mates, try Extensions/Modelling/New Molecule from Symmetry Op  - however you will have to specify the SymOp manually.

Deberá tener el registro CRYST1 en su archivo PDB con el grupo de espacio correcto.

La observación 350 se puede utilizar para describir la unidad biológica.
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