Estoy familiarizado con los softwares Jmol , Rasmol y PyMoL , y recientemente conocí BioBlender . Sin embargo, desconozco por completo si alguno de estos programas (u otros) son capaces de cargar un .pdb y permitir el cambio en un aminoácido en particular, para finalmente visualizar el cambio en la estructura terciaria causado por esa sustitución.
¿Hay algún programa capaz de realizar una sustitución de aminoácidos en una molécula cargada por .pdb y mostrar el cambio en la estructura terciaria?
Una aplicación que conozco que hará esto, así como muchas otras cosas, es Swiss-PDB Viewer, también conocido como DeepView . Si va al sitio y selecciona Guía del usuario en las pestañas de la izquierda, verá una subsección llamada mutaciones y, a continuación, le indicará lo que puede hacer la aplicación.
Visualizar el cambio inducido por un aminoácido en la estructura 3D es parte de todo un campo de investigación llamado modelado molecular ( http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_modelling ). Hay una gran cantidad de investigación disponible sobre el tema y ya no estoy actualizado en este campo.
Lo que solía hacer era simular la forma óptima de una cadena AA (~10) que formaba parte de la molécula más grande. La técnica consistió en usar un procedimiento de Monte-Carlo para simular calentar y enfriar la molécula millones de veces y verificar la estabilidad de la conformación resultante usando . Usé Modeller, Procheck y Prosa. Eso fue en el 2000.
Hay una lista de wikipedia de software de modelado de mecánica molecular aquí ( http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_software_for_molecular_mechanics_modeling )
Si entiendo lo que está tratando de lograr, como dijo David, esta es un área vigorosa de estudio en biología estructural. Comenzaré diciendo que una sustitución de un solo aminoácido a menudo prácticamente no hará ninguna diferencia en una estructura, pero hay proteínas en las que un par de sustituciones convertirán una proteína de hélice alfa en hoja beta, así que lo dejaré. a usted para juzgar lo que vale la pena intentar. Hay tres rutas que puedes tomar:
Primero, para pequeños cambios, pymol tiene un campo de fuerza incorporado ("escultura molecular") y mutagénesis de residuos. Chimera tiene una herramienta llamada "minimizar estructura" que probablemente esté mejor desarrollada. Y VMD tiene el complemento del kit de herramientas de campo de fuerza.
Si espera cambios más grandes, puede optar por un paquete de simulación completo como NAMD o CHARMM. Requerirían un esfuerzo significativo para ponerse en marcha, pero están ahí.
Finalmente, puede optar por un servidor de predicción de estructura empírica. Todo lo que tiene que hacer es abrir su archivo de secuencia, hacer sus sustituciones allí, cargarlo en el servidor y esperar a que le envíen los resultados por correo electrónico. Harán alineaciones de secuencias para encontrar archivos PDB relevantes y todo. Recomiendo el servidor Robetta (ejecutando Rosetta de David Baker). http://robetta.bakerlab.org/
bobthejoe
pitido