¿Cómo puedo evaluar la hidrofobicidad y/o la carga superficial de una proteína?

¿Cómo debo evaluar las superficies de proteínas en términos de hidrofobicidad y propiedades de carga superficial de la superficie?

Particularmente, estoy buscando comparar parches hidrofóbicos o carga superficial entre dos proteínas, de secuencias .pdb o Fasta, por ejemplo.

El objetivo es estudiar el mecanismo de adsorción de proteínas en el contexto de la purificación de proteínas.

¿Has usado pymol?
Sí, pero ¿pymol muestra un valor numérico para el porcentaje de hidrofobicidad de la superficie total, por ejemplo?
Sí. Puede calcular la superficie accesible al solvente como una fracción de la superficie total. Aunque no estoy exactamente seguro de qué es el "porcentaje de hidrofobicidad de la superficie total".
He hecho algunas modificaciones a su pregunta para que se trate más de los conceptos biológicos en lugar de "qué herramienta es la mejor".

Respuestas (2)

Ya que tienes las estructuras la mejor opción, en mi opinión, es Pymol.

hidrofobicidad

Pimol abierto . Carga la proteína de tu elección. Descargue color_h.py , que es un script de la Universidad de Osaka que colorea los residuos según la escala de hidrofobicidad de Eisenberg. Cargue esto en Pymol por File->Run->PATH/TO/color_h.py. Luego en Pymol ejecuta los siguientes comandos

  1. show surface

  2. color_h

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Tenga en cuenta que el guión se puede editar para usar las escalas que desee. @mimat lo señala hacia protscale y sugeriría lo mismo. La escala de Eisenberg es una escala de consenso bastante antigua. Escalas más actualizadas podrían ser más apropiadas en su caso.

Para comenzar a cuantificar esto, Pymol tiene herramientas para calcular la accesibilidad de los solventes, por ejemplo.

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Además, PDBSum y PDBe-PISA pueden estimar el área de superficie accesible al solvente.

Carga superficial

electrostática de vacío

La forma más rápida y sencilla de generar electrostática es con las herramientas de electrostática de vacío incorporadas. En Pymol, seleccione el action button (A)->generate->vacuum electrostatics->protein contact potential.

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ABPS

Dado que la electrostática incorporada de Pymol hace muchas suposiciones, para la publicación es mejor obtener un mapa de superficie cuantificado con mucha más precisión. Sin embargo, ABPS está un poco más involucrado. Lea la wiki si esto se parece más a lo que necesita.

Creo que buscas protscale . Le brinda un montón de opciones para predecir cómo se 'comportará' su proteína para la purificación HPLC e hidrofobicidad, residuos enterrados, etc.

Protscale es una gran herramienta para el análisis de secuencias. Dado que tenemos las estructuras, creo que hay formas más confiables de buscar parches de superficie bioquímicamente interesantes que aprovechan el conocimiento 3D que tenemos.
Estoy completamente de acuerdo con usted, su respuesta definitivamente brindará una imagen más confiable y completa de la hidrofobicidad. Por otra parte, también depende del volumen de proteínas que necesite analizar, dado que el póster preguntaba sobre la purificación, a menudo desea algo rápido y sucio para muchos objetivos diferentes.
Ya veo. ¡Buen punto!
¿Cómo puedo evaluar la hidrofobicidad y/o la carga superficial de una proteína?
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