Compatibilidad de aminoácidos

Parece que puede estar pensando en la línea del ADN, donde la adenina se empareja solo con la timina y la guanina con la citosina.

A diferencia del ADN, las cadenas de aminoácidos son monocatenarias...

...así que no hay emparejamiento de tipos compatibles como lo hay en el ADN. Los aminoácidos vecinos en la cadena pueden estar en cualquier combinación (como usted dice, porque cada uno tiene un grupo carboxilo y un grupo aminoácido), al igual que los nucleótidos vecinos en el ADN (es decir, los que están al lado, no uno frente al otro) pueden venir en cualquier orden.

En términos prácticos, los grupos funcionales de los aminoácidos tienen diferentes propiedades químicas (hidrofóbicas, hidrofílicas, aromáticas), por lo que es probable que algunos emparejamientos se encuentren más comúnmente que otros. Pero en principio no hay restricción sobre quién está al lado de quién.

Respuesta corta: en principio , no hay restricciones sobre qué aminoácidos pueden seguir a qué. Eso significa que, en principio, puede tener un polipéptido en cualquier configuración: AAAA, WQWQWQ , etc.

El problema es que los polipéptidos deben ser funcionales y, debido a que están en solución acuosa, impone restricciones sobre cómo los polipéptidos forman estructuras secundarias y terciarias. Significa que tener una superficie hidrofóbica muy rígida es energéticamente desfavorable. Si la célula produjera dicho polipéptido, podría degradarse o causar problemas a la célula, como agregados u otra forma de toxicidad.

Eso significa que los polipéptidos tienen más restricciones que solo el orden de enlace (unión CN). Y por supuesto se ha estudiado: Análisis probabilístico de las frecuencias de pares de aminoácidos dentro de secuencias de proteínas caracterizadas.

Los autores analizaron las bases de datos de proteínas para averiguar qué dobletes de aminoácidos son más y menos comunes. En primer lugar, no todos los aminoácidos (de los cuales se consideran 20) tienen la misma aparición, por ejemplo, P(L, leucina)=0,096, P(W, triptófano)=0,0118.

Y, por supuesto, los dobletes no se distribuyen por igual (se seleccionaron 16 pares de 400 como estadísticamente significativos):

Para responder a su pregunta: No, no hay restricciones sobre qué aminoácido es el siguiente ("un vecino más cercano") a su vecino N-terminal o C-terminal.