¿Qué se entiende por secuenciación de una sola molécula?

Cuando los documentos de secuenciación se refieren a la secuenciación de una sola molécula, ¿cuál es su definición de "molécula"? ¿Están diciendo base por base? La cadena de ADN completa en un cromosoma también se puede considerar como una "molécula". En ese caso, esa es una lectura mucho más grande. ¿Cuál es la interpretación predeterminada?

Por ejemplo, ¿la secuenciación de Illumina es una "molécula única" ya que emite fluorescencia una base a la vez?

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Respuestas (1)

Para la secuenciación clásica de Sanger, se necesitan cantidades bastante grandes de ADN para poder ejecutar la reacción de secuenciación. Esto es un problema cuando desea secuenciar el genoma completo, ya que el ADN debe amplificarse, lo que para algunas secuencias puede causar problemas, introducir errores o causar sesgos.

La secuenciación de una sola molécula es un gran paso adelante aquí, ya que solo se usa una molécula de ADN para la secuenciación. Existen diferentes tecnologías de secuenciación basadas en este principio. El sistema de biociencias del Pacífico utiliza una polimerasa unida a un pequeño pozo que se une a un ADN monocatenario y comienza a producir la cadena opuesta, cuando los nucleótidos están presentes. Vea la imagen a continuación o este video , que explica la técnica bastante bien.

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Illumina une moléculas de ADN monocatenario a la superficie de la cámara de reacción y comienza a amplificarlas allí. El uso de nucleótidos marcados con fluorescencia permite controlar la reacción. Esto se parece a lo siguiente (lado izquierdo de la figura de la revisión mencionada a continuación):

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Puede encontrar una ilustración de Illumina que es más detallada aquí . Aunque es un poco más antiguo (y la tecnología se desarrolla rápidamente), esta revisión es una buena introducción: " Tecnologías de secuenciación: la próxima generación " .

Los nanoporos suelen utilizar un oligo sin marcar . Su figura es el enfoque de polimerasa de ADN inmovilizado de Pac Bio que utiliza la guía de ondas de modo cero maravillosamente llamada para visualizar un volumen de 20 zeptolitros y observar cómo la polimerasa incorpora cada oligo marcado.
Sí, eso es correcto. Echa un vistazo al video, se trata del mismo método.
Pero no usa un poro . Es un pozo. Mi comentario fue que un enfoque de nanoporos 'verdadero' como Oxford Nano no usa etiquetas. Ambos son ejemplos de análisis de una sola molécula.
Haría +1 si agrega una oración sobre nanoporos u otros enfoques de una sola molécula y responde OP re Illumina.
@Chris: Entonces, para algunos de estos métodos, dicen "1 molécula = 1 recuento". Digamos que tenían un recuento de lecturas de 100 para un gen. ¿Qué significa eso exactamente? ¿Hubo 100 lecturas de ese gen? ¿100 lecturas de bases de ese gen? ¿Algo más?
@Chris ¿Es lo mismo que lo que se llama - Secuenciación por síntesis?
@biogirl Sí, que yo sepa, este es uno de los otros nombres.
¿Qué se entiende por secuenciación de una sola molécula?
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