Después de haber realizado una alineación usando bowtie2 y GRCh38 como secuencia de referencia, obtuve coincidencias inusuales en chrUn. Aquí una pequeña parte del archivo SAM :
@SQ SN:chr22 LN:50818468
@SQ SN:chrX LN:156040895
@SQ SN:chrY LN:57227415
@SQ SN:chrM LN:16569
@SQ SN:chrUn_KI270424v1 LN:2140
Todos los demás chrvalores son claros para mí (M indica el ADN mitocondrial, mientras que 22, Y y X son solo el número/nombre habitual de los cromosomas), pero no pude entender qué chrUnsignifica y qué pasa con ese código después de _?
Supongo que chrUn_KI270424v1 se refiere a un andamio o secuencia que aún no se ha asignado a un cromosoma. La designación después de Un (¿desconocido o no asignado?) puede referirse a una sola secuencia particular o un andamio. Podrá determinar esto examinando la secuencia de referencia y su documentación.
(Mi suposición se basa en el tipo de cosas que uno encuentra en las diversas versiones de los genomas de referencia de Drosophila , con los que estoy familiarizado. Por lo tanto, no puedo ayudarlo con los detalles del genoma humano).
Es para secuencias no asignadas. Consulte esta referencia de las Preguntas frecuentes sobre el navegador del genoma de la UCSC: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download11
skymningen
alec_djinn
skymningen