Estoy trabajando con una proteína que no tiene ninguna homología con otras proteínas, por lo que probablemente requerirá una predicción de estructura ab initio. Sin embargo, dado que no trabajo para un laboratorio de predicción de estructuras y no tengo un requisito estricto para tener una estructura de alta resolución, estoy bien con una predicción de resolución de 6-10 angstrom para ayudarme a visualizar la proteína.
Estoy imaginando I-TASSER para tener una idea inicial de la topología. SWISS-MODEL no encuentra ningún homólogo contra el que moldear. Estoy tratando de evitar el uso de Robetta ya que probablemente tomará un mes. ¿Qué otros servidores web de baja resolución debo probar?
Alternativamente, podría decirme que lo absorba y lo envíe a una predicción de un mes.
¿Ha utilizado hhpred para buscar homólogos? ¿Cuál fue su criterio para definir que no había homólogos? Potencialmente, podría bajar a alrededor del 30% de identidad de secuencia para modelar.
Enviaría la secuencia de consulta tanto a I-Tasser como a Rosetta y vería si ambos servidores están de acuerdo con la topología. I-Tasser siempre proporcionará 5 modelos de su secuencia de consulta (incluso si son basura) clasificados por un puntaje de confianza.
Mientras espera que terminen los servidores anteriores, enviaría la secuencia a varios servidores de predicción de estructura secundaria para llegar a un consenso general sobre la estructura secundaria de su proteína. Algunos servidores que podrías usar son:
Si los servidores llegan a un consenso, compare la predicción de la estructura secundaria con la de la estructura secundaria de los modelos, para ver si el modelado ab initio coincide con el de la predicción de la estructura secundaria. Esto le dará más razones para confiar en su modelo.
Luego validaría sus modelos usando:
Finalmente, ¿existen restricciones que podría introducir en un sitio de oligomerización o un sitio de interacción proteína-proteína para ayudar con el modelado?
Robetta es el mejor servicio que he encontrado para una proteína en la que estoy trabajando que no tiene una estructura resuelta. Ya no está disponible para la competencia CASP10, pero lo enviaría y esperaría. El tiempo de espera últimamente ha sido de ~2 meses.
bobthejoe