He visto que los aminoácidos se reemplazan comúnmente con VAL, MET o ALA para estudiar los efectos de estas sustituciones específicas. ¿Por qué se usan estos aminoácidos específicos en particular, cuáles son los resultados que se espera que muestren estas sustituciones, podrían las sustituciones de otros aminoácidos lograr los mismos resultados, y cuál es la fuente de esta técnica?
Sustituir un solo aminoácido y verificar el efecto que tiene en una proteína es un método para determinar qué hace este aminoácido específico en la proteína. Por ejemplo, sustituir un aminoácido que forma parte del núcleo catalítico casi siempre haría que la proteína no fuera funcional.
El escaneo de alanina es una técnica que reemplaza metódicamente los aminoácidos en una proteína con alanina. La alanina es probablemente la sustitución más neutral, esencialmente elimina la cadena lateral de aminoácidos. La glicina, por ejemplo, sería problemática porque es más flexible y puede adoptar estructuras secundarias que otros aminoácidos no pueden.
Si desea averiguar qué hace un aminoácido específico, no desea introducir ningún otro efecto nuevo al mutarlo. Dependiendo de lo que esté viendo exactamente, es ciertamente posible sustituir otros aminoácidos. Algunos cambios en la alanina pueden ser demasiado drásticos y es posible que desee sustituir un aminoácido que sea más similar al original. Todo esto depende de lo que estés mirando exactamente.
MattDMo