Estoy trabajando en una herramienta para llamadas SNP en plantas poliploides. Para probar mi método, necesito una lista de genes domésticos comunes en casi todas las plantas. Para mi caso, estos genes deben ser de una sola copia (es decir, cada gen HK no debe tener parálogos).
Brevemente necesito una lista de genes que son:
Cualquier ayuda es apreciada.
Simplemente volando desde la cintura: enfoque de filtro: si hay una fuente de datos que tiene los datos de expresión para células en múltiples tejidos para cualquier organismo, la usaría para encontrar los genes de limpieza clasificando qué genes se expresan en la mayor cantidad de células ( piense en Excel o XML). A continuación, verificaría cuáles de esos genes también se encuentran en / son similares al gen respectivo (homólogo, se llama así) en las plantas (usando el navegador del genoma, por ejemplo, ensembl y blast o simplemente míralo y haz clic en el botón para traer al genoma de la planta). Si su organismo modelo no tiene un genoma secuenciado ... obtenga cebadores y vea si puede secuenciarlo usted mismo para ver si está allí. Luego verifique si es una sola copia. La parte más difícil es encontrar una base de datos de expressoma que abarque múltiples tejidos en un organismo para encontrar genes de mantenimiento, y luego esperar que se conserven en la planta. Alternativamente, puede consultar la literatura para encontrar genes de limpieza.
Probablemente solo querías una lista de los genes... lo siento.
El siguiente es probablemente un buen conjunto, es para Arabidopsis que necesita verificar si se ajusta a sus necesidades.
Locus del gen del gen CBP20: At5g44200
Locus del gen del gen de la actina-2: At3g18780
Locus del gen del gen UBC: At5g25760
SIGMA vende cebadores para estos: http://www.sigmaaldrich.com/life-science/molecular-biology/plant-biotechnology/plant-molecular-biology/control-primers-for-arabidopsis.html
No hay una respuesta única para un gen. Lo más correcto es usar un conjunto de genes en muchos locus y medir primero la correlación del número de copias entre ellos, y solo usar los que co-segregan como número de copia única como la medida de 'una copia'.
Este es el mismo enfoque utilizado para qPCR y es la base del algoritmo geNorm ampliamente utilizado (11k citas). Mientras que en qRT-PCR la 'estabilidad' de la expresión de un gen se compara a través del ARNm que se encuentra en diferentes estequiometrías, en su caso simplemente restringe aún más que los genes deben tener una estequiometría estable.
Si estuviera diseñando esto, usaría el mismo conjunto de genes que son 'amas de casa' definidos en las dos publicaciones anteriores y evitaría los cromosomas sexuales.
otro 'homo sapiens'
CKM