De los 192 genes objetivo, 79 se asignan a un eQTL o pQTL significativo en al menos una condición dietética.
es la línea de un artículo " Disección ómica y genética multicapa de la actividad mitocondrial en una población de referencia de ratones "
Por lo que sé, un eQTL es un SNP (genotipo particular) que afecta la expresión génica. ¿Cómo puedo mapear entonces un gen a un eQTL? Un gen es una secuencia en un genoma de referencia. Los genotipos de un gen específico son solo variaciones de la secuencia de este gen específico. Entonces, un gen en sí mismo no puede ser un eQTL, un genotipo específico (con una variación) puede serlo, ¿verdad?
Entonces, ¿cómo puede ser posible que un gen (digamos GENE22, ubicación: 10-100) esté asignado a eQTL (SNP dentro de GENE22, ubicación: 12) en una condición dietética pero no esté asignado a eQTL en otra condición dietética si ¿Siguen hablando del mismo gen y la misma ubicación de un eQTL? Entonces, no estoy muy seguro de lo que significan o de lo que mapearon allí.
Toma una lista de SNP y una lista de valores de expresión génica y la conecta a algo como esto: http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/
Entonces, ¿cómo puede ser posible que un gen (digamos GENE22, ubicación: 10-100) esté asignado a eQTL (SNP dentro de GENE22, ubicación: 12) en una condición dietética pero no esté asignado a eQTL en otra condición dietética si ¿Siguen hablando del mismo gen y la misma ubicación de un eQTL? Entonces, no estoy muy seguro de lo que significan o de lo que mapearon allí.
El SNP está asociado con cambios en el nivel de expresión de ese gen para una condición dietética, pero ese mismo SNP no está asociado con cambios en el nivel de expresión en otra condición dietética. Es posible que el SNP nunca aparezca en muestras de la otra condición dietética.
CKM
alina