Soy estadístico y me gustaría probar mi nuevo método con datos biológicos. Para esto estoy buscando datos de genotipo para un número de individuos. Es decir, estoy buscando algo como esto:
| Individuo 1 | Individuo 2 | Individuo 3 | Individuo 4 | .... Cromosoma 1 SNP 1 | AA | BA | AB | Bb | Cromosoma 1 SNP 2 | AB | AA | AB | BA | Cromosoma 2 SNP 1 | Bb | AB | Bb | AB | etc.
Realmente no me importa la especie. Idealmente, me gustaría tener datos para genotipos complejos y menos complejos (diferente número de cromosomas y número de SNP).
¿Hay conjuntos de datos disponibles públicamente como este? He estado buscando en internet, pero no puedo encontrar ninguno.
ese es el propósito declarado del proyecto de los mil genomas.
el proyecto de los mil genomas tiene... 1000 genomas.
todo es descargable.
¿Qué hay de la base de datos de frecuencia de alelos?
http://alfred.med.yale.edu/alfred/index.asp
Uno de los principales problemas con las bases de datos SNP es que hay muchas, por lo que puede perderse rápidamente. Esta vista ofrece una visión general de los recursos disponibles:
http://www.humgen.nl/SNP_databases.html
Espero que esto ayude.
Hay una gran cantidad de datos de genotipo disponibles en el navegador de biología de población de VectorBase , es una base de datos de insectos que se comportan de acuerdo con muchas suposiciones matemáticas, por ejemplo, las generaciones discretas que no se superponen y el paisaje de apareamiento homogéneo.