Parece que tienes que tener una conversación con tu asesor. Ciertamente, no hay nada de malo en su enfoque: lee el código sobre el que tiene conocimiento y tiene algo que decir; luego fue proactivo y quiso solucionar el problema; todos estos son encomiables. Si se ha equivocado, bueno, eso sucede, pero para eso está la revisión de parches.

Entonces, la postura de su asesor, tal como la describe, no tiene ningún sentido para mí ni probablemente para nadie aquí. Eso deja dos interpretaciones:

• Tu asesor realmente tiene ideas incómodas sobre lo que es apropiado o no en GitHub.
• Usted no entiende a lo que su asesor estaba tratando de llegar.

La opción 1 parece poco probable, por lo que la opción 2 me parece una posibilidad distinta. También es uno que se puede abordar fácilmente: tenga una conversación sobre el problema en el que afirma que está confundido por qué el comportamiento se consideró incorrecto y pídale a su asesor que lo ayude a pensarlo.

Actualización: después de la adición a la publicación original sobre la conversación con el asesor, me parece que la opción 1 anterior (que el asesor es un imbécil), por improbable que sea a priori, es de hecho cierta. Eso es lamentable porque en mis quince años como profesor, nunca me he encontrado con una situación en la que este tipo de comportamiento por parte de un profesor hubiera sido apropiado o, de hecho, útil o justificado.

Pero, dado que he estado desarrollando software de código abierto durante más de 25 años y he estado liderando comunidades de código abierto durante 20, creo que vale la pena señalar que el comportamiento del mantenedor del repositorio de GitHub es completamente razonable y apropiado: TodosValoro las contribuciones de la comunidad científica en general, y para todos los proyectos que conozco (un número considerable), eso incluye casos en los que la persona que propone un parche puede haberse equivocado. Así que sigo pensando que hiciste lo correcto y creo que la respuesta del mantenedor del repositorio de GitHub fue razonable y común. En otras palabras, el comportamiento del asesor académico realmente no tiene sentido para mí. Si recibiera un correo electrónico del profesor de alguien diciendo que su alumno se ha comportado de manera inapropiada y sugiriendo que lo bloquee de mis repositorios, me aseguraría (i) de no hacerlo y (ii) sería bastante claro sobre el hecho de que pensé el estudiante hizo lo correcto y que el asesor está equivocado y se está comportando de una manera que no tiene sentido para mí. Ciertamente no es un asesor'

Dada la postura de este asesor, no sé qué sugerir. Las personas razonables se prestan a las conversaciones, pero aparentemente esta persona no es razonable. Dado que tiene una oferta de trabajo de otro lugar, la elección correcta puede ser simplemente decidir que no vale la pena su energía mental para luchar en esta lucha. O bien, puede hablar con el jefe del departamento u otro profesor de confianza en el departamento; lo que harán es un asunto aparte, y es posible que no arroje ningún resultado que aún pueda ayudarlo en el tiempo antes de graduarse.

En estos días me veo como una persona inútil y miserable que solo trabaja más de 12 horas por día y las otras 12 horas que supongo para descansar o dormir todavía estoy pensando en mi investigación pero no estoy feliz, no tengo amigos, estoy deprimido, nervioso, estresado, etc. Entonces, sí, estoy enojado porque la gente me odia incluso si les digo la verdad.

Parece que estás pasando por un mal momento. La escuela de posgrado es estresante incluso en las mejores circunstancias, y las tuyas no son las mejores en este momento. Busque ayuda profesional de un psicólogo o profesional similar lo antes posible. ¡Tu salud mental es tu primera prioridad!

A partir del problema original, mis dos centavos serían asegurarme de que significan lo que crees que significan, como se sugiere en las otras respuestas. Si esta es ciertamente su postura, necesita encontrar un nuevo asesor . Esta persona podría estar acosándote por tonterías por cualquier motivo. Salir.

No veo ningún problema de integridad. Tus intenciones parecían ser corregir un error. A menos que su intención fuera sabotear a su competencia, no hay nada de malo en esto.

Posiblemente, tu mentor crea que deberías haber consultado con otros primero, pero actuar precipitadamente no es deshonestidad académica.

¿Estás seguro de que tu asesor entendió lo que hiciste? El concepto de GitHub, relaciones públicas, etc. puede ser extraño para él y podría haber entendido que usted declaró públicamente que su fórmula es incorrecta, en una cosa no revisada por pares (lo estoy inventando, solo para mostrar que las interpretaciones pueden escalar rápidamente ).

Cuando se calme, tenga una conversación con él explicándole claramente el contexto de su actualización (menos el "qué" y más el "dónde" y el "cómo").

Hay algunas cosas a considerar y aclarar:

1. GitHub no es una referencia académica autorizada. Se espera que los artículos de revistas sean revisados ​​a fondo y libres de la mayoría de los errores habituales. Tienen su proceso para corregir errores, que es diferente a GitHub, donde una sola persona y no necesariamente un comité decide qué es lo mejor para el código. Tal vez su asesor no entienda esto. De hecho, puede citar publicaciones que describen el código de GitHub, pero citar GitHub es muy parecido a citar Wikipedia.

2. Las ecuaciones "incorrectas" en el código aún pueden generar resultados correctos. Por lo tanto, es importante aclarar cuál es exactamente el cambio sugerido y el impacto de la ecuación en cuestión y sus dos versiones. EDITAR : Según la aclaración de OP, parece que la fórmula "incorrecta" era en realidad una expresión "aproximada". Nunca diga que una ecuación "aproximada" es incorrecta, en muchos campos, las fórmulas y los modelos precisos no están disponibles o son realmente difíciles de manejar, las personas pueden discutir mucho sobre si una aproximación dada es razonable o no, pero simplemente afirmar que es incorrecta es falto de madurez.

3. La ciencia no se trata de discutir quién tiene razón o quién está equivocado sobre la base de opiniones, se trata de probar qué está mal y qué resiste la falsificación (de Popper). Trate de diseñar pruebas o experimentos que puedan afirmar lo que está bien o mal.

4. No es una violación de la ética académica participar en GitHub, a menos que su solicitud de extracción implique algún problema de propiedad intelectual. En algunos entornos de investigación, debe renunciar a todos los productos de su trabajo a quien le paga (y eso tiene mucho sentido). Por lo tanto, una corrección de código puede entenderse como "propiedad intelectual" que no se le permite renunciar al público sin la autorización de alguien.

5. Además, no es una falta a la ética académica señalar cuando las cosas están mal, incluso diría que es una obligación académica. Sin embargo, la forma en que haces esto podría ser una violación de las normas sociales. Me enfadaría mucho contigo si afirmaras públicamente que mi investigación está equivocada sin ni siquiera hablar conmigo primero, ya que hacerlo es una cortesía común. Sería mucho peor si realmente estuvieras equivocado, ya que a las personas que están ansiosas por señalar los errores de los demás a menudo no les gusta admitir sus propios errores, y mucho menos hacer reparaciones. Por supuesto, si publico un repositorio en GitHub, espero que la gente plantee sus problemas y lo haga públicamente. Pero normalmente, primero hablas en privado si crees que alguien ha cometido un error. Creo que así es como su asesor está enmarcando estos eventos. Podrías acercarte a él y decirle "Tal vez debería haber hablado contigo primero".

Los resultados del trabajo en equipo no son solo tuyos y debes ser consciente de cómo los compartes.

Como mencionó Mefitico en su respuesta, es posible que no tenga los derechos para usar el código que ofreció a ese proyecto. Es importante tener en cuenta que "código abierto" o "en GitHub" no significa "hacer lo que sea" ( aunque también hay una licencia para eso ). Por ejemplo, la popular licencia MIT incluye la disposición:

Por la presente se otorga permiso, sin cargo, a cualquier persona que obtenga una copia de este software... para comerciar con el Software sin restricciones, lo que incluye, entre otros, el uso, la copia, la modificación, la fusión, la publicación, la distribución, la concesión de sublicencias y/o la venta de copias. del Software…

— La licencia MIT (a través de la Iniciativa de código abierto)

Si usted fuera el único titular de los derechos de autor, estaría bien: podría ofrecer dicha licencia para su código y el proyecto podría incluir su código en su código. Pero es muy probable que no seas el único titular de los derechos de autor:

• Si se trata de una investigación grupal, puede compartir los derechos de autor con su asesor.
• Si es un investigador remunerado (p. ej., apoyado por una subvención o una ayuda de investigación), probablemente haya una cláusula en su contrato que otorga una licencia a la universidad o institución, que puede estar en conflicto con la licencia que otorgaría a este proyecto. .
• Su contrato puede incluso otorgar los derechos de autor exclusivos de cualquier resultado de su investigación a su universidad oa la institución que financia su subvención.
• Si desea publicar sus resultados, es posible que deba transferir los derechos de autor de su material publicado a la revista.

Entonces, como puede ver, los resultados de su investigación realmente no son suyos para compartir libremente (incluso si ese parece ser el objetivo de la investigación). Este es un problema muy común para las personas que escriben software profesionalmente. Es importante hablar con su asesor sobre lo que puede y no puede hacer con los resultados.

Dicho todo esto, probablemente no sea gran cosa. Probablemente a nadie le importe que algún proyecto de código abierto de nicho tenga algunas líneas de código basadas en esta investigación. Pero el camino al infierno está pavimentado con buenas intenciones, y es fácil meterse en problemas si no prestas atención a tus licencias.

No, publicar un problema en GitHub no es una violación de la integridad académica

Según los hechos que ha expuesto, no hay nada que se asemeje remotamente a una violación de la integridad académica. Dice que ha proporcionado una referencia a la fórmula "correcta". Entiendo que quiere decir que tanto la aproximación como los métodos exactos están publicados y son ampliamente conocidos. Proporcionar una referencia a un trabajo publicado nunca es poco ético. (Lo es tergiversar deliberadamente, pero no hay indicios de que lo esté haciendo, y eso no parece ser lo que está motivando la acusación de su asesor de doctorado).

Como sugerencia, debe dejar de llamar a la implementación anterior la fórmula "incorrecta", ya que luego aclara que es una aproximación de uso común que brinda respuestas dentro del 5-10% de la fórmula exacta. (A partir de su detalle adicional, tampoco hay indicios de que esto sea lo que esté motivando la acusación de su asesor de doctorado).

Otras Consideraciones

Acerca de GitHub y Academia

Muchos académicos contribuyen a proyectos en GitHub. Si está trabajando en un campo STEM, es casi increíble que su asesor no esté familiarizado con GitHub (al menos sepa que existe, cómo funciona y que los colegas lo están usando), o que no entendería ese código de publicación. mejoras, creadas por usted y basadas correctamente en las fuentes citadas, no es una violación de la integridad académica. Esta acusación está completamente desquiciada. Si su asesor no está familiarizado con GitHub, tiene la obligación moral de informarse antes de presentar el cargo muy grave de violación de la integridad académica.

Un proyecto importante en mi campo (no soy colaborador) es PySAL . Si alguien encontrara que una fórmula o algoritmo en particular en esa biblioteca generaba un resultado incorrecto, aproximado (cuando había una solución exacta disponible) o simplemente lento y que podía mejorarse, esa contribución sería bien recibida por los mantenedores (como fue por el mantenedor del repositorio al que usted contribuyó). Un ejemplo que podría ser paralelo al suyo es ¿Mejoras en las funciones de distancia?, que analiza diferentes métodos para medir la distancia a la Tierra. Si el asesor de doctorado de esa persona valoró esta contribución (muchos lo harían, otros no, particularmente si estaba fuera de su campo y/o pensaran que estaba interfiriendo con las responsabilidades de RA o su propio progreso hasta la finalización) no hay mundo en el que considerarían un PR de GitHub con una fuente citada correctamente como una violación de la integridad académica.

Mi propia experiencia: he estado investigando la redistribución de distritos durante un par de años y he creado o contribuido a varios repositorios en este campo. A menudo también publico código relacionado con otros temas de interés, y publico y hago uso de material educativo publicado por otros en mi área de enseñanza, Sistemas de Información Geográfica.

Acerca de protegerse a sí mismo

Algunas de las respuestas parecen estar tratando de considerar formas en las que su asesor podría haber entendido mal, o formas en las que usted podría haberse pasado de la raya. Usted ha proporcionado una serie de aclaraciones. Sin embargo, los hechos tal como los ha presentado parecen tan claros y su acusación tan infundada que debe considerar cómo protegerse y cómo (o si) completar su doctorado con su asesor actual.

Desafortunadamente, muchos académicos se comportan de manera muy mala. No estoy seguro de que seamos peores que otras industrias (las finanzas, el derecho, Hollywood y muchas otras tienen mucho por lo que responder), pero es demasiado común que los estudiantes de posgrado tengan que soportar los abusos de los asesores de doctorado. que a menudo también son supervisores de trabajo (si es un asistente de investigación) y que pueden sabotear por completo su doctorado si así lo desean. Además, dado que el énfasis suele estar en la educación en lugar del empleo, los estudiantes de posgrado generalmente no reciben capacitación sobre el acoso laboral y cómo denunciarlo.

Usted dice que está deprimido, con exceso de trabajo, que no tiene amigos y que quiere dejar la academia después de completar su doctorado. Debe considerar sus opciones y hacer uso de los recursos disponibles.

Cosas que hacer inmediatamente

• Busque ayuda de los servicios de consejería en el campus.
• Si es miembro de un sindicato, por ejemplo, un sindicato de estudiantes graduados, o si es un RA o TA y es miembro de una unidad de negociación, informe su interacción ahora y pregúnteles si debería estar preocupado y cuáles son sus opciones .
• Si es un RA o TA, debe informar su interacción a Recursos Humanos, tal vez a una oficina que se ocupe del acoso laboral. Si no es parte de un sindicato, informar a Recursos Humanos será un primer paso. Si eres parte de un sindicato, primero hablaría con el sindicato y vería cómo recomiendan proceder.
• Hable con el jefe de su departamento. Es posible que no puedas lograr que hagan nada, pero al menos debería darte una idea de a qué te enfrentas. Presente los hechos de la manera más neutral posible y pregunte si hay algo que deba hacer. Si el presidente no sabe qué es GitHub y/o parece no estar interesado en su inquietud, y cierra con "Debería hablar con su asesor al respecto", probablemente no haya mucho más que lograr con ellos. Si el presidente parece preocupado (y sabe lo que es GitHub), podría ofrecer hablar directamente con el asesor o tratar de facilitar una discusión.
• No le cuentes a tu asesor sobre ningún proyecto externo, ir al gimnasio, tener una cita, ver a un consejero ni nada relacionado con nada que esté fuera de tu investigación de tesis y responsabilidades laborales (si corresponde).

Cosas a considerar para trabajar

• ¿Se puede cambiar de asesor? Esto suele ser difícil, pero muchos estudiantes de posgrado lo hacen. A veces, los estudiantes de posgrado toleran asesores terribles debido a su reputación en el campo, pero usted dice que su campo era nuevo para su asesor cuando comenzó su doctorado. ¿Hay alguien más en su departamento que esté trabajando en este campo, o en un campo relacionado, que estaría dispuesto a dar un paso al frente? ¿Hay alguien más en su comité que podría asumir el cargo de asesor? Incluso puede ser posible cambiar los programas, ya que las disciplinas a menudo están representadas en varios departamentos.
• ¿Se puede aplicar a un nuevo programa de doctorado? Esto apesta, pero si realmente no hay nadie más en su universidad que pueda ser un asesor adecuado, vale la pena explorarlo. ¿Conoces profesores de otras instituciones de conferencias? Puede valer la pena comunicarse con uno o dos que haya conocido para discutir las opciones. No tienes que decir por qué quieres dejar la universidad al principio , aunque si decides seguir esta opción, sin duda surgirá más adelante.

Al final, es posible que no tenga más remedio que intentar llevarlo a cabo con este asesor. En cuyo caso, minimice sus interacciones con él, haga uso de los recursos de salud mental y comience a revisar las preguntas de Academia.SE relacionadas con los malos asesores:

• Negatividad del asesor
• ¿Qué hacer cuando el asesor de doctorado quiere que trabaje en proyectos paralelos pero estoy comenzando un posdoctorado?
• ¡Ayuda! Profesor/asesor se niega a publicar cualquiera de las investigaciones de sus alumnos

Puede haber algunas situaciones en las que, por lo que usted describe, su asesor considere un problema de integridad académica. Sin embargo, no está claro a qué se refiere la situación exacta de 'su referencia'. Estos son bastante especulativos hasta que su pregunta sea más refinada.

1) Se está refiriendo a un trabajo que aún no ha sido publicado o revisado por su asesor y lo está publicando.

2) Su asesor no cree que tenga claro el problema de github de que la referencia es a su propio trabajo y no a la literatura original, y les parece poco ético que esté afirmando que es su algoritmo cuando originalmente provino de su revisión de literatura

3) Después de leer y encontrar el problema, su asesor notó que el código original es correcto y que su implementación es incorrecta. Si había publicado esto antes, su asesor puede estar llegando a la conclusión de que no fue ético en la forma en que les explicó sus resultados o su artículo, lo cual no se dieron cuenta hasta ver una implementación correcta.

Lamento lo que te sucedió, incluso si no sé si la fórmula incorrecta es realmente incorrecta o no.

Una etiqueta de país/cultural podría estar interesada allí, ya que creo que su última edición presenta una reacción muy grosera de su supervisor.

Recomendaría algo que se dice a menudo en el mundo de la empresa, pero que en realidad es un hecho y debe pensarse en todas partes: escriba un correo electrónico con comentarios sobre su reunión. Podría hacerlo ahora mismo con lo que describió en su edición durante la segunda reunión:

• Primero, explique los hechos. No uses lo que dijiste en esta publicación, porque podría malinterpretarse. Dar enlace en lugar de explicación. Y sea demasiado cortés: por ejemplo: "Tenía un comentario [enlace al comentario] en GitHub [GitHub]. Gracias por la reunión de hoy sobre este tema".
• En segundo lugar, exponga su caso: desea mejorar el repositorio de GitHub. Desea utilizar una buena fórmula (ni correcta ni incorrecta, sino la que mejor se ajuste) para su doctorado
• Tercero, haga preguntas: debe obligar a su administrador a que se explique en el correo: "¿Necesito eliminar mi comentario?" "¿Necesito preguntarte antes de publicar en el futuro?"
• Cuarto, rastree lo que dijo: su supervisor lo va a quemar frente al administrador de GitHub: rastree dando el contacto (pseudo, correo) del administrador en el correo con algo como: "Usted dijo durante el reunión quiere hablar con el Administrador: aquí está el contacto"

Además de este consejo, tengo otro tema que plantear. No estoy familiarizado con GitHub, pero siento por su texto que su supervisor no está familiarizado con Web y GitHub. ¿Tal vez piensa que GitHub es algo así como un trabajo de investigación? Entonces explicaría su comportamiento.

Pero si crees que has pasado este paso con tu supervisor, y que es de mala fe, podrías encontrar un pretexto para poner en copia a otro de la Academia, quizás superior a los dos.

De todos modos, no seas demasiado ofensivo por ahora. Mantenga la calma, sea cortés, haga preguntas, escriba lo más que pueda.

El asesor es tonto, pero no deberías haberte puesto en contacto con ellos al respecto en primer lugar. No tenía sentido, no son tu censor personal. Creo que podrías haber confundido a tu asesor al contactarlo en primer lugar, y no entendieron lo que estaba pasando o simplemente tuvieron un mal día y decidieron ser desagradables contigo.

En otras palabras: no hay nada de eso. Recuérdelo, conserve los correos electrónicos, imprímalos en un PDF y agregue la "impresión" en PDF del problema de GitHub que envió también. En caso de que el proyecto se desvanezca de alguna manera, su asesor no podrá obtener ideas tontas y chantajearlo solo porque tiene otro caso de un mal día o una mala semana.

De lo contrario, trátelo como si su asesor tuviera un pedo cerebral. Y no le digas más a tu asesor cada vez que vayas al baño, o luego te acusarán de desperdiciar agua de la Universidad a propósito :/ Tristemente, esas personas existen: tienden a ser impredecibles y te acercas a ellos con la mejor de las intenciones y simplemente lo convierten en una pesadilla. Lamento mucho que hayas tenido una experiencia tan irrazonable. No fue por tu culpa.

Una respuesta razonable de su asesor hubiera sido informarle que está bien y que no hay razón para pedir tales cosas.

Pongámoslo de esta manera. Usted es un empleado muy bueno y dedicado, y su asesor es un Gerente de Proyecto. Debido a la falta de comunicación al principio, su PM no le explicó el Contrato ni se aseguró de que lo entendiera completamente. Cualquier trabajo en progreso en el que haya estado trabajando está sujeto a su institución bajo la gestión de su Gerente. Estaba enojado, lo que no fue muy profesional, usted compartió accidentalmente su idea derivada de su investigación en un proyecto de código abierto también estaba mal. Así que nadie está aquí. Su PM ya no pudo usar su fórmula correcta ya que se fusionó con ese código abierto, por lo que decidió usar otra fórmula. No te enfades con lo complicado que es en términos creados por la academia. Puede optar por finalizar su proyecto en su institución actual bajo la dirección de otro PM/asesor o seguir siendo el mismo asesor. lo cual depende de ti si el doctorado es importante en tu plan de carrera. De lo contrario, puedes cambiarte al campo industrial y encontrar un puesto adecuado para dedicarte a lo que te gusta o te encanta hacer. No pienses demasiado desde que he estado allí. ¡¡¡La mejor de las suertes para ti!!!