¿Encontrar la longitud de la secuencia de ADN? [cerrado]

Dado norte = 5 × 10 3 y la tasa de mutación es m = 10 − 5 por sitio, encuentre la longitud de una secuencia de ADN para que la probabilidad de que ocurra una mutación M, sea mayor o igual que 0.95.

¿Existe un método o una fórmula para este tipo de cálculo?

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Sugerencia: trate de calcular la probabilidad de que ocurra una mutación en un solo sitio (en una sola generación). Luego calcule esta misma probabilidad para 100 sitios. Y a partir de ahí deberías ver lo que está pasando.
es norte el tamaño de la población? Normalmente usamos norte por el tamaño de la población. Además, asumiría que m es la tasa de mutación por sitio (por par de bases). Finalmente probability of mutation, supongo que significa probability of 1 or more mutations, al igual que la fórmula sugiere si METRO significa el número de mutaciones.
Me acabo de dar cuenta de que hay dos formas de entender la pregunta. ¿ Por mutationqué quiere decir mutant alleleo quiere decir mutational event(ver aquí )?
Me refiero a un evento, sí.
Por lo tanto, no necesita ningún a priori sobre la secuencia. La probabilidad de que ocurra una mutación en un sitio dado en un haploide dado es 10 − 5 . ¿Cuál es esta probabilidad para toda la población (no olvide que probablemente se supone que los individuos son diploides)? Luego puede calcular esta probabilidad para 100 sitios y comprenderá el patrón. ¿Tiene sentido?
Ok, entonces para cada sitio: PAG ( METRO > 0 ) = 10 − 5 lo que significa que para norte = 5000 , obtenemos PAG ( METRO > 0 ) = 5000 ∗ 10 − 5 = 0.05 para un sitio?
Realmente no estoy seguro de cómo este método nos permitiría encontrar la longitud para asegurar PAG ( METRO > 0 ) ≥ 0,95 . Yo sé eso θ = 2 norte m , que creo que puede usarse para que θ = 0.1 por base. Pero no entiendo cómo responder esto en términos de la pregunta real
¡Está bien! 0.1 es correcto. (0,05 sería correcto si se supusiera haploidía). Ahora para 100 sitios? Y luego pregunte cuántos sitios es la probabilidad 0.95

Respuestas (1)

La tasa de mutación por haplotipo por sitio es m = 10 − 5 . Suponiendo diploidía y un tamaño de población de norte = 5000 , la tasa de mutación de toda la población por sitio es 10 − 5 ∗ 5000 ∗ 2 = 0.1 .

0.1 es por lo tanto la probabilidad de que ocurra una mutación en un sitio dado (en toda la población). Para 10 sitios, la probabilidad de que ocurra una mutación en al menos un sitio es 1 − ( 1 − 0.1 ) 10 = 0,65 .

La probabilidad que buscamos es 0,95. Así que vamos a escribir la ecuación

1 − ( 1 − 0.1 ) X = 0,95

, dónde X es el número de sitios que estamos buscando. Solo tienes que resolver para X ahora y redondear al entero mayor.

Bien, esto es en términos del número de sitios, así que para calcular la longitud de la secuencia en términos de pares de bases, ¿multiplicaríamos por 10 3 ¿decir? Estoy tratando de leer sobre pares de bases y esto es lo que reuní, pero puedo estar equivocado. (De lo contrario, esta respuesta está perfectamente bien, ¿acabo de ver en mucha literatura que las longitudes generalmente se dan en pb?)
Un sitio es un pb. El número de X es la longitud de la secuencia (en sitios o en pares de bases) que estaba buscando. Si desea expresar la respuesta en kilo pb, puede dividir el resultado por 10 3 pero no lo recomendaría. X , una vez redondeado, es tu respuesta
¡De acuerdo! Estoy comparando esto con el ADN mitocondrial que generalmente tiene una longitud de 16 500 pb, por lo que resolver la ecuación anterior de 29 parece muy inusual. (ref: ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/26798311 )
La respuesta depende de la pregunta. Por lo general, no intenta responder todos los días a la pregunta "¿cuál es la longitud de la secuencia cuya probabilidad de ser afectado por una mutación en una generación determinada es 0.95?". No creo que debas esperar de ti mismo tener mucha intuición en la respuesta y por lo tanto no hay nada inusual que encontrar. No entiendo por qué la longitud del mtDNA humano importa aquí.
Solo porque, por ejemplo, la tasa de mutación (por sitio) del mtDNA también es generalmente m = 10 − 5 así que solo quería comparar
ah, OK. Claro... así que sí, muchas mutaciones ocurren en el mtDNA cada generación (aún más si consideras 7 mil millones de personas).
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