¿Gráfico de diversidad genética intraespecie a través de especies/phyla?

Estoy buscando información sobre cómo la diversidad genética dentro de una especie (no entre especies) difiere entre taxones. En otras palabras: ¿es la "propagación" en el acervo genético, si se mide, por ejemplo, en términos de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), generalmente mayor/menor para algunos grupos de especies que para otros?

Mi idea ad-hoc es que las especies con una diferencia fenotípica más fuerte entre individuos, como el homo, probablemente deberían tener una diversidad genética más alta (tasa más alta de SNP) que aquellas con una variación fenotípica menor, como, por ejemplo, Orthoptera (saltamontes, etc.). Pero no pude encontrar ninguna estadística o investigación sobre este tema.

Estoy especialmente interesado en los datos sobre taxones muy relacionados. Idealmente, este sería un cuadro con datos comparativos para esponjas, anélidos, artrópodos, peces, mamíferos (representantes únicos de estos grupos), o incluso plantas, hongos, arqueas, bacterias...

No busco información sobre las secuencias reales del genoma, ni sobre la biodiversidad, sino específicamente sobre la diversidad genética dentro de especies de diferentes filos.

Esta es mi primera pregunta aquí, ¡gracias por su ayuda!

No conozco ningún recurso que pueda usar en este momento, pero una cosa que debe tener en cuenta es que la diversidad genética generalmente se correlaciona con el tamaño (efectivo) de la población. Esto significa que especies como los insectos generalmente deberían tener una mayor diversidad genética que los mamíferos solo porque hay más de ellos en una población determinada.

Respuestas (1)

Puede ver las tasas de SNP heterocigóticos en especies secuenciadas por genoma, que es una medida de la diversidad dentro de las especies.

Tiene un ejemplo en la Figura 4 aquí: https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-016-1090-1

Se puede ver en la figura que se trazan especies en peligro de extinción (la mayoría de ellas con poca diversidad genética).

Además, me temo que tu hipótesis de partida no es muy buena. Nuestra especie es muy pobre en diversidad genética y tiene poca variación fenotípica. La especie humana pasó por varios cuellos de botella importantes durante su historia evolutiva que redujeron su diversidad. Incluso los gorilas o los pandas gigantes son más diversos que los humanos. Tienes un sesgo porque eres humano y eres bueno para diferenciar a los individuos de tu propia especie.

Además, un solo representante de cada grupo no será suficiente ya que las diferencias pueden ser enormes dentro de un grupo. Además, la variación fenotípica es difícil de medir en ciertos grupos.

Lo siento por ser un poco negativo.

Sí, mi hipótesis ad-hoc probablemente sea incorrecta, como queda claro después de investigar un poco más. Por otro lado, si se incluyen rasgos etológicos en la "diversidad fenotípica", la comparación saltamontes-humano seguirá siendo válida. Pero no hay correlación directa con la diversidad genética. La figura 4 es parte de lo que estoy buscando, pero debería ser entre filas. Veo que uno se encuentra con un montón de problemas al hacer la pregunta como yo lo hice. Intentaré desenredar esto un poco más cuando siga leyendo.
Resulta que, de hecho, este es un tema de discusión reciente: "Comprender por qué algunas especies tienen más diversidad genética que otras es fundamental para el estudio de la ecología y la evolución, y tiene implicaciones potencialmente importantes para la biología de la conservación. Sin embargo, esta pregunta no solo sigue sin resolverse". , ha caído en gran medida en el desprecio. Con la rápida disminución de los costos de secuenciación, argumentamos que es hora de revivirlo". journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/… y algunos más.
No dije que no fuera posible, o que no fuera interesante hacerlo. Simplemente que los humanos no son una especie diversa. De hecho, el valor de HSNP es bastante fácil de calcular a partir de un genoma, si aún no lo ha calculado el consorcio del genoma responsable del ensamblaje.
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