Tengo problemas para entender cómo los eucariotas terminan la transcripción. Estudiando Campbell Biology (pg. 342, 10th ed.), leí:
En eucariotas, la ARN polimerasa II transcribe la secuencia de la señal de poliadenilación en el ADN, que especifica una señal de poliadenilación (AAUAAA) en el pre-ARNm. Esto se llama una "señal" porque una vez que aparece este tramo de seis nucleótidos de ARN, ciertas proteínas en el núcleo lo unen inmediatamente.
El texto continúa con:
Luego, en un punto entre 10 y 35 nucleótidos aguas abajo de la AAUAA, estas proteínas la separan de la polimerasa y liberan el pre-ARNm.
¿Significa esto que se sigue sintetizando pre-ARNm durante 10-35 nucleótidos después de que se transcribe AAUAA antes de finalmente cortarse?
Muchas gracias.
Según Genes XI de Lewin - Krebs et. al sobre transcripción eucariótica, empalme de ARN y procesamiento
No está claro si la ARN polimerasa II realmente participa en un evento de terminación en un sitio específico. Es posible que su terminación esté vagamente especificada. En algunas unidades de transcripción, la terminación se produce más de 1000 pb aguas abajo del sitio, lo que corresponde al extremo 3' maduro del ARNm (que se genera mediante la escisión en una secuencia específica). En lugar de usar secuencias terminadoras específicas, la enzima detiene la síntesis de ARN dentro de múltiples sitios ubicados en "regiones terminadoras" bastante largas. La naturaleza de los sitios de terminación individuales se desconoce en gran medida.
Continúa diciendo,
El sitio de escisión/poliadenilación en la mayoría de los pre-ARNm está flanqueado por dos señales que actúan en cis : un motivo AAUAAA corriente arriba, que se encuentra entre 11 y 30 nucleótidos del sitio, y un elemento rico en U o GU corriente abajo. El AAUAAA es necesario para la escisión y la poliadenilación porque la deleción o mutación del hexámero AAUAAA impide la generación del extremo 3' poliadenilado (aunque en plantas y hongos puede haber una variación considerable del motivo AAUAAA).
Debo agregar que el significado de 11 a 30, o como dijiste de 10 a 35 nucleótidos, es que te dice el tamaño aproximado del complejo proteico que se encuentra en el ARN y dónde está el sitio activo de la proteína. El dominio que reconoce la secuencia de terminación tiene entre 10 y 35 bases de ancho. Es probable que la variación se deba a la capacidad de la secuencia de ARN que sigue a la secuencia de terminación para formar una estructura de bucle de tallo.
Campbell adopta un enfoque necesariamente básico y menos matizado de la información que proporcionan sobre biología molecular. El enfoque es proporcionar algunos detalles y mostrar los puntos en común evolutivos entre una amplia gama de sistemas biológicos. El enfoque está bien, ya que te lleva a pensar en la interconexión de los sistemas biológicos.
A medida que progrese en sus estudios, verá que la realidad y los detalles son mucho más complejos y basados en excepciones de lo que se presentó en los cursos introductorios. Pero los cursos más avanzados dedican un semestre completo a lo que cubre Campbell en un capítulo. Campbell es preciso pero incompleto por necesidad.