¿Cuál es el nombre correcto de Aminoacil-tRNA?

Quiero referirme a un aminoacil-tRNA con el anticodón 3'-UAC-5' que está cargado de metionina. ¿Cuál es el nombre propio de esta molécula?

No trabajo con tRNA, pero la convención que me enseñaron para tal tRNA fue METRO mi t − t R norte A METRO mi t . No conozco ninguna nomenclatura estándar que incorpore el anticodón, lo que no quiere decir que no haya ninguna.
@canadianer —La hay, pero solo es adecuada hasta cierto punto, y el ejemplo en particular plantea un tipo de complicación. Voy a publicar en detalle mañana si nadie más lo ha hecho.
@David, estaría muy interesado en su explicación.
DE ACUERDO. Un poco obsesivo, pero hace muchos años fui responsable de un capítulo sobre síntesis de proteínas en un libro de texto. La falta de una nomenclatura estándar (a menos que me haya perdido algo) refleja tanto la menor cantidad de personas que trabajan en el ARN, en lugar del ADN, en la actualidad, como la gran cantidad de genes de ARNt en eucariotas.

Respuestas (1)

Respuesta mínima

Si todo lo que quiere hacer es exactamente lo que ha especificado, sobre la base de un artículo de 2013 sobre los ARNt humanos identificados en el proyecto 1000 genes , el formato parecería ser:

Met-tRNA Met (CAU)
o
metionil-tRNA Met (CAU)

Observe que el anticodón está escrito en la dirección 5ʹ→3ʹ, como en el artículo, y que Met está en mayúscula, como se recomienda en esta publicación de la IUPAC de 1970 (sic).

Tengo mis reservas sobre esto ya que no he podido encontrar recomendaciones de nomenclatura de tRNA (ni siquiera en revistas de RNA), y el artículo se refiere a genes (aunque allí se usa una nomenclatura diferente: transfer RNA-Met (CAT) 1-1, etc. ). Además, mi recomendación de usar CAU, en lugar de CAT (usado en el documento citado) solo se basa en mi experiencia de científicos que trabajan en tRNA, en lugar de usar sus genes (aunque puede justificarse en un contexto más amplio: ver más abajo ).

Una variación de esto se encuentra en un artículo de 2017 :

METRO mi t - t R norte A METRO mi t C A tu

Así que sospecho que no hay una nomenclatura 'oficial'.

Problemas para dar una respuesta más completa

La respuesta anterior es adecuada en determinadas circunstancias, por ejemplo, al diferenciar en un artículo o una conferencia entre dos especies (por ejemplo, con diferentes anticodones, aunque esto no ocurre con la metionina). Los problemas ocurren cuando se desea distinguir un ARNt de todos los demás ARNt presentes en una célula o codificados en un genoma. Enumero algunas posibles ambigüedades:

  • Met- tRNA de iniciación frente a elongación (en el caso citado)
  • Anticodones que contienen bases modificadas
  • ARNt distintos con la misma especificidad de aminoácido y el mismo anticodón
  • ARNt citoplasmáticos versus mitocondriales en eucariotas
  • ARNt de diferentes especies

Soluciones posibles

Diferentes Met-tRNA

Esto suele ser más importante ya que tanto los Met-tRNA de iniciación como los de elongación tienen el mismo anticodón pero son estructural y funcionalmente distintos. La diferenciación generalmente se realiza mediante un subíndice : originalmente 'f' o 'm', respectivamente, pero para los eucariotas ahora generalmente 'i' o ningún subíndice:

METRO mi t - t R norte A F metro mi t o r METRO mi t - t R norte A metro metro mi t

METRO mi t - t R norte A i metro mi t o r METRO mi t - t R norte A metro mi t

Anticodones que contienen bases modificadas

Se observó desde el principio que los anticodones de tRNA contenían bases modificadas, por ejemplo, inosina, que tenía patrones particulares de reconocimiento de codón de 'bamboleo' ( ver mi respuesta a otra pregunta de SE ). Por lo tanto, en muchos casos sería importante especificarlos, por lo que recomiendo usar U, en lugar de T, por ejemplo

Tyr-ARNt Tyr (GΨA)

ARNt con el mismo anticodón

La duplicación de genes a menudo da como resultado ARNt con la misma especificidad y el mismo anticodón. En algunos casos las secuencias son idénticas, por lo que no hay forma de distinguirlas, pero en otros casos ocurrirán mutaciones que no cambian la función. Para distinguir dichas especies con una sola base (aquí en la posición 40), el documento de 1000 genomas utiliza el siguiente estilo:

(G40) ARNt Arg (GCA)

o

(C40) ARNt Arg (GCA)

A nivel genético, se utiliza una numeración arbitraria para los ARNt humanos , p.

transferir ARN-Met (CAT) 1-1

transferir ARN-Met (CAT) 1-2

mientras que en Drosophila se usa una variante de este estilo, por ejemplo

ARN de transferencia:Metionina-CAT 1-1

ARN de transferencia: Metionina-CAT 1-2

ARNt citoplasmáticos frente a mitocondriales

Es importante recordar que las mitocondrias de los eucariotas contienen su propio conjunto de ARNt y distinguirlos, si es necesario, precediéndolos de "mitocondrial". En Drosophila el símbolo sería 'mt:tRNA:Met-CAT', y el nombre 'mitochondrial transfer RNA:Methionine-CAT'.

Especies

Obviamente, uno puede especificar la especie por un adjetivo precedente. Menciono esto para señalar que el conjunto de ARNt es diferente para diferentes especies.

Buena respuesta. Compuse sus ecuaciones de Word con LaTeX y cambié metionina-tRNA por metionil-tRNA según las recomendaciones de la publicación IUPAC de 1970.
@canadianer — Gracias. Uno se preocupa tanto por las cosas difíciles que no se da cuenta de los errores en las cosas sencillas.
@David, Esto es genial. No trabajo con ARN excepto cuando enseño a mis estudiantes de biología sobre transcripción y traducción. Quiero que tengan un sistema de nombres coherente cuando les hable de diferentes moléculas de ARNt con sus respectivos aminoácidos adjuntos.
¿Cuál es el nombre correcto de Aminoacil-tRNA?
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