Con respecto a la ruta Wnt en KEGG, el archivo KGML de esta ruta tiene una descripción de cada interacción entre un par de genes. Estas interacciones se designan en la forma:
entry1="46" entry2="41" type="PPrel" subtype name="inhibition" value="--|"/ subtype name="phosphorylation" value="+p"/
En algunas entradas, las entradas de "subtipo" de reacción son 2 mientras que en otras es una, como para la interacción mencionada anteriormente. Otra entrada es la siguiente:
entry1="47" entry2="46" type="PPrel" subtype name="phosphorylation" value="+p"/ relation
¿Por qué algunas de las entradas tienen 2 tipos de interacción mientras que otras tienen uno? ¿Qué significa esto biológicamente?
Hay un tipo de interacción llamado "compuesto". ¿Qué significa biológicamente una interacción compuesta?
<relation entry1="17" entry2="16" type="PPrel"> <subtype name="compound" value="4"/> </relation>
Ver el manual :
PPrel, en cada uno de estos, significa interacción proteína-proteína, por lo que queremos abordarlos pensando en lo que los productos proteicos de estos genes pueden hacer entre sí.
Para el primer y segundo ejemplo, los subtipos brindan más información sobre la interacción. No son necesariamente mutuamente excluyentes. Por ejemplo, la fosforilación puede resultar en activación, inhibición, otra cosa o algo desconocido. Para el primero, hay fosforilación y el efecto es inhibición. Para el segundo, la interacción es fosforilación pero no se caracteriza el efecto.
Cuando el compuesto está bajo el subtipo para una relación PPrel, el valor es el ID del elemento de entrada para el compuesto (así que busque el elemento de entrada 4), y se refiere a un intermedio de dos proteínas que interactúan.
de novo
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