Hay millones de proteínas dadas en PDB, cuya secuencia podemos descargar en formato FASTA. También hay cientos de SNP dados en NCBI dbSNP. Mi pregunta es si las proteínas en PDB incorporan los SNP en su estructura. Si no, ¿hay alguna forma de visualizar la estructura de la proteína usando alguna herramienta después de un SNP en la proteína? Sé que existen herramientas como SIFT, pero solo dicen si un SNP es dañino o no. No comentan sobre la estructura de la proteína de ninguna manera.
Swiss PDB Viewer le permite mutar residuos en una estructura existente y explorar los efectos.
Estoy bastante seguro de que UCSF Chimera también lo hace.
Resolver la estructura 3D de una proteína es difícil y requiere mucho trabajo, hacer eso para cada SNP común de una proteína sería excesivo en la mayoría de los casos. Por lo tanto, generalmente no encontrará tales estructuras a menos que la estructura de la versión mutada específica sea particularmente interesante.
En muchos casos, tampoco es estructuralmente interesante lo que sucede, no tiene sentido tratar de obtener la estructura 3D si un SNP conduce a un cambio de marco o un codón de parada temprano.
Lo que puede hacer es simplemente cargar la estructura PDB de la proteína de tipo salvaje en un visor como PyMol y observar el aminoácido que cambia el SNP. Lea el documento asociado para averiguar si ese residuo es importante de alguna manera. Esto no siempre será posible, pero si, por ejemplo, el aminoácido está en el centro catalítico de una enzima, esto explicaría cómo el SNP afecta la función de la proteína.
consulte la página de secuencias en RCSB PDB, puede mostrar los SNP mapeados en 3D para algunas de las proteínas (debe habilitar las anotaciones de SNP en el menú desplegable)
http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?params.showJmol=true&structureId=4HHB
shigeta
Mithoron