Color van der waals bonos en suiza PdbViewer

Si tengo razón al suponer que está tratando de colorear como los enlaces AA VDW púrpuras, entonces solo puedo colorear específicamente los enlaces VDW en una vista 3D sólida (en la pantalla, renderizar en 3D sólido) en SPDBV, pero no cuando la vista 3D sólida no es activado, como en el ejemplo de su imagen. Una opción es usar POV-Ray pero no he trabajado con él.

Si los autores del artículo del que obtuvo la imagen no retocaron con Photoshop el color púrpura, es probable que hayan escrito un script personalizado para él en el software, lo que les permite hacer esto. Entonces, solo contactaría al autor correspondiente y le preguntaría cómo lo logró y si lo hizo a través de un script o algún otro software. ¡La mayoría de las veces las personas están felices de compartir su metodología una vez que la han publicado!

¿También has probado el software Jalview? Aunque está diseñado principalmente como una herramienta de alineación, tiene una buena vista 3D Jmol. Puede cargar su secuencia y el archivo PDB asociado y puede jugar con él. La salida de gráficos es bastante fácil de publicar. No soy un experto en eso y solo he estado jugando un poco con él, pero cuando le coges el truco, es bastante agradable gráficamente. Aunque la vista VDW todavía es 3D de relleno de espacio, es un poco más agradable ya que tiene opacidad, etc. Simplemente descárguela y tan pronto como la abra, se le presentará una alineación de ejemplo y una vista Jmol. Simplemente juegue con la sección de alineación y la vista Jmol y vea si le gusta la estética. La única parte complicada del software es obtener los residuos que desea seleccionar, pero una vez que lo logra,

Espero que esto ayude.