Tengo un par de estructuras que están casi listas para ser depositadas en el PDB. Por curiosidad, los pasé por la herramienta de verificación previa de ADIT y fallaron con un error tras otro, ya que carecía de todo tipo de registros adicionales ( , TER, SEQRES, HETNAMetc.) que mis herramientas de refinamiento y modelado no parecen importar.
Por lo que entiendo/supongo, la herramienta de envío en línea ayudará a completar todos los metadatos ( REMARKs, etc.), pero ¿cómo convierto mis coordenadas en algo aceptable?
Estos dos enlaces pasan por las especificaciones requeridas para el formato PDB:
Enlace 1: http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html
Link1 pasa principalmente por las especificaciones. requerido si dice que tiene un archivo NMR, por lo tanto, necesitaría la MODELdeclaración. También pasa por otras declaraciones, como cuándo usar TERy cómo ATOMdebe verse cada línea, etc.
Enlace 2: http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html
Link2 pasa por las otras declaraciones como HEADER, REMARKSyTITLE
bobthejoe
marcin