¿Cómo convertir una descripción CIF mínima en una completa?

Tengo un archivo CIF que descargué del PDB, pero si trato de usarlo en Coot, se queja de que no es una definición CIF completa. Esta página proporciona un script por lotes que puedo desarmar para satisfacer mis necesidades, pero pensé que había una manera de hacerlo desde el administrador de trabajos/GUI de CCP4 Program Suite.

De manera enloquecedora, veo en el historial de trabajos de mi proyecto un par de trabajos de "diccionario" en los que hice esto, pero olvidé por completo cómo los configuré (perdonen los nombres estúpidos):

Trabajos de diccionario CCP4

Cuando trato de usar Monomer Library Sketcher (en Preparación de refinamiento/restricción) y abro un archivo CIF ("mmCIF"), no sucede nada.

También bajo el dibujante, puedo abusar severamente de "Cargar monómero de la biblioteca" y parece que obtuve lo correcto:

cargar monómero desde el cuadro de diálogo de la biblioteca

Sin embargo, al configurar lo anterior, arroja "Error: no se pueden leer las advertencias de" monomer_lib (código, n ...", luego, cuando se ejecuta, genera el archivo Geometry (aparentemente con éxito) y luego dice que Libcheck falló al intentar crear el archivo de coordenadas.

Si hay otras soluciones, yo también estaría interesado. He usado PRODRG para crear archivos CIF antes con su herramienta de dibujo, pero puede ser un poco torpe, ignora cómo dibujé mis dobles enlaces y crea nuevos nombres para todos los átomos.

Respuestas (1)

No es tan ideal como esperaba, pero funciona:

  1. Obtenga e instale CCP4 .

  2. Obtenga un archivo CIF mínimo de PDB o de otro lugar. Guarde en alguna carpeta de fácil acceso con la consola.

  3. Inicie la consola y cdla carpeta con la definición mínima.

  4. Ejecutar libcheckescribiéndolo y presionando regresar

    • Si se queja de que no se encuentra, bines posible que el directorio CCP4 no esté en su variable de entorno PATH. Puede evitar esto especificando la ruta completa al programa, por ejemplo: c:\CCP4-Packages\ccp4-6.1.13\bin\libcheck.exe(puede variar según la versión)

  5. Diga "S" o "A" cuando se le _DOC:soliciten algunos archivos más, "N" si no le importa (generalmente no me importa)

  6. En las -->indicaciones, especifique:

    • el archivo de entrada, por ejemplo:file_l: ABC.cif
    • el monómero:mon: ABC
    • Nombre del archivo de salida:file_o: ABC_out

  7. Deje un mensaje en blanco y presione regresar para comenzar a procesar.

Si se ejecuta correctamente, podría ser algo como esto:

C:\Users\Nick>libcheck

  --- LIBCHECK --- /Vers 4.2.8   ; 02.06.2009/


  Do you want to have FILE-DOCUMENT /libcheck.doc/ ? /<N>/Y/A :
    N - means without DOC-file
    Y - with new contents
    A - means to keep old contents and add new information
        with DOC-file program creates batch file: libcheck.bat
 _DOC:n


 #
 #      Keywords:
 #
 #FILE_L:   < >  - additional library, " " means without this file
 #MON:      < >  - give info about this monomer
 ... (shortened) ...
 #SRCH: <N>/Y/0  - Y - global search, 0 - for MON from PDB_file
 #                 (only with NODIST = N)

 #---  type "keyword   parameters" and/or ---
 #---  press key "CR" to run program      ---
 -->file_l: ABC.cif
 -->mon: ABC
 -->file_o: ABC_out
 -->
 MON   : ABC
 -------------
 Output file   :ABC_comp
 Input user lib:ABC.cif
 _chem_comp.name "DRUG INTERMEDIATE"

          17          55
 "DRUG INTERMEDIATE"

 -------------
 Keywords:
 HFLAG : Y
 COOR  : N
 LCOOR : Y
 SRCH  : 0
 REF   : Y
 NODIST: Y
 ERROR ==> In the loop containing the item_chem_comp.three_letter_code
 ERROR ==> The number of expected items and the number existing items do not match
 ERROR ==> The number of expected items is    7
  NUMBER OF MONOMERS IN THE LIBRARY          :     1
                with complete description    :     0
  NUMBER OF MODIFICATIONS                    :     0
  NUMBER OF LINKS                            :     0
  I am reading libraries. Please wait.
      - energy parameters
      - monomer"s description (links & mod )
  I am reading library. Please wait.
      - monomer"s description
  WARNING : monomer:ABC      - has the minimal description.
  now monomer:ABC      - has complete description.
  I will check it.
 * CIFile  : ABC_out_ABC.cif
 * PDBfile : ABC_out_ABC.pdb
 * Plotfile: ABC_out_ABC.ps
  I am writing new description to
  file: ABC_out.lib

C:\Users\Nick>

Produce los siguientes archivos de salida:

  • (file_o): parece un archivo CIF con muchos espacios en blanco y registros eliminados
  • (file_o).lib: el archivo de definición completo deseado
  • (file_o)_ (mon).cif: un archivo CIF aún más mínimo con solo coordenadas XYZ
  • (file_o)_ (mon).pdb: un archivo PDB
  • (file_o)_ (mon).ps: un documento con un diagrama etiquetado en estéreo y listas de enlaces, ángulos, quiralidad (¿centros?) y planos. Puede convertirlo al formato PDF más fácil de usar usando este http://www.ps2pdf.com/convert.htm u otras herramientas.
¿Cómo convertir una descripción CIF mínima en una completa?
RespuestasAquíPolítica de privacidad1y, 0v