JMol se puede utilizar para identificar enlaces de hidrógeno en proteínas mediante el script "calcular HBONDS". Al generar el estado de la red, podemos obtener una lista de enlaces H.
Aquí hay una línea de una salida de ejemplo (número de ID de PDB 1a1x):
74 540 4096 0.001 -2.507 hbond;
Creo que la interpretación correcta de los primeros dos números es que el átomo 74 está unido por hidrógeno al átomo 540. (No estoy muy seguro de lo que significan los otros números).
Pregunta : ¿Cómo podemos determinar qué átomo es el donante y cuál es el aceptor?
En el ejemplo anterior, el átomo 74 es un átomo de nitrógeno y el átomo 540 es un átomo de carbono, por lo que presumiblemente el átomo de nitrógeno es el donante. Pero, ¿cómo podemos saberlo en general?
No sé sobre JMol, pero esto se puede hacer fácilmente con UCSF Chimera.
Cargué la estructura 1a1x. Luego seleccionó: Herramientas > Análisis de estructura > FindHBond
Mantuve los valores predeterminados y seleccionéWrite information to reply log
Luego hizo clicOK
En la estructura se identificarán los Bonos H con una línea de color.
Para ver cuál es el donante y el aceptador, vaya a: Favoritos > Registro de respuestas
A continuación se muestra una salida del registro de respuesta:
H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
ASP 12.A N GLU 25.A OE2 no hydrogen 3.012 N/A
HIS 13.A N GLU 25.A OE1 no hydrogen 3.338 N/A
HIS 13.A ND1 ASP 12.A OD2 no hydrogen 2.835 N/A
LEU 14.A N TRP 70.A O no hydrogen 2.934 N/A
TRP 15.A N ARG 23.A O no hydrogen 2.866 N/A
...
120 hydrogen bonds found
Como puede ver, el donante y el aceptor se han identificado como se define en la línea de encabezado.
Si lo desea, la información también se puede escribir en un archivo seleccionando Write to text fileen la FindHBondventana.
También tuve que hacer lo mismo usando Jmol, y descubrí cómo obtener una lista de todos los hbonds.
Paso 1: Calcular los enlaces h con o sin método RASMOL. Depende de usted, por ejemplo,
jmolScriptWait("select not hydrogen; set hbondsRasmol FALSE; calculate HBONDS")
Paso 2: mostrar solo los hbonds
jmolScriptWait("display connected(hbond)")
Paso 3: exporte la información de vinculación a la matriz de JavaScript
jmolGetPropertyAsArray("bondInfo")
Tendrá una matriz de objetos, cada uno contendrá los átomos conectados por este enlace h y la longitud del enlace.