Tengo dificultades para encontrar una explicación de cómo funciona la amplificación de ADN con un solo cebador en la literatura disponible para mí, ¿alguien puede explicar la metodología y lo que logra?
Este proceso se denomina amplificación de un solo cebador independiente de la secuencia (o abreviadamente SISPA). Se utiliza para amplificar secuencias desconocidas para la amplificación, por ejemplo, en virus desconocidos. Los cebadores utilizados para este proceso contienen secuencias aleatorias que deben unirse al ADN a amplificar y también secuencias conocidas, que pueden utilizarse como adaptadores. En las primeras rondas de PCR, solo los cebadores aleatorios dan lugar a productos específicos, que se amplifican exponencialmente en las últimas rondas de PCR, ya que los cebadores encajan perfectamente. Esto se describe en detalle en esta publicación: " Estrategia de PCR de cebado aleatorio para amplificar y clonar cantidades traza de ADN " .
La amplificación con un solo cebador se usa para encontrar regiones desconocidas de ADN si no tiene idea de qué usar como cebador aguas arriba. Funciona con la idea de que cualquier imprimación a una determinada temperatura fallará. Es decir, se recocerá en una ubicación no específica. Por lo tanto, es PCR, pero a esta temperatura, el cebador de cinco regiones principales se unirá específicamente a su ubicación conocida. En los tres extremos principales hasta 3500 bases de distancia, la baja temperatura de hibridación permitirá que este cebador específico se una a algo parecido a su secuencia complementaria, pero no exactamente. De esta manera, aún obtendrá una reacción de PCR exitosa. Luego, a medida que continúan los ciclos, el extremo 3' se une específicamente a su cebador y puede aumentar la temperatura para hacerlo más específico. El diseño y las temperaturas de la imprimación deben considerarse con mucho cuidado.
Fuentes