De un artículo ("Mejoría de la encefalomielitis autoinmune experimental en ratas Lewis mediante el tratamiento con FTY720", 2003):
Realizamos la amplificación por PCR en una mezcla de reacción de 100 μl que contenía 200 μM de cada uno de los dNTP regulares, 10 pmol de cada iniciador y 2,5 U de TaqDNA polimerasa (TaKaRa) utilizando los iniciadores IL-2 (300 pares de bases; pb) , 5 ′-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3′ y 5′-CACAGTTGATGGCTCATCATCG-3′; IL-6 (294 pb), 5′-GACTTCACAGAGGATACCC-3′ y 5′-TAAGTTGTTCTTCACAAACTCC-3′; INF-γ (310 pb), 5′-GGATATCTGGAGGAACTGGCAAAAG-3′ y 5′-GCTAGATT CTGGTGACAGCTGGTG-3′; β-actina (461 pb) 5′-CATCGTGGGCCGCTCTAGGCA-3′ y 5′-CCGGCCAGCCAAGTCCAGACGC-3′.
No estoy completamente seguro: ¿quieren decir que los cebadores son "específicos del gen IL-2"?
¿Significan que "5′-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3′ y 5′-CACAGTTGATGGCTCATCATCG-3′ son cebadores que son específicos del gen IL-2"?
Según la descripción, sí, se supone que esos cebadores son específicos para el gen IL-2. La forma en que se usarían sería en ARNm, no en ADN, por lo que podría usarlos para cuantificar el nivel de transcripción de IL-2. Sin embargo, parece haber algún problema técnico, porque mientras que la primera secuencia (5′-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3′) coincide con el ARNm de IL-2 de rata que comienza en 120 en la secuencia, la segunda (CACAGTTGATGGCTCATCATCG) no coincide con ninguna IL. -2; una búsqueda BLAST solo muestra coincidencias aleatorias e irrelevantes.
Esto puede ser un error en el papel (copiar y pegar la cartilla incorrecta, lo cual es extremadamente común, lamentablemente); puede haber sido un error en el diseño (alguien usó la imprimación incorrecta y obtuvo resultados afortunados que parecían coincidir con lo que esperaban); o puedo estar haciendo algo mal, que no voy a tratar de solucionar más que esto.
( Editar , como @VonBeche señala en los comentarios, el cebador inverso es casi una coincidencia en 398, con una falta de coincidencia de un nucleótido que arruinó mi búsqueda, posiblemente una variante alélica, pero igualmente posiblemente un error)
Artem