Estoy estudiando un conjunto de datos TCGA tratando de encontrar correlaciones entre la expresión génica y los datos clínicos que podrían arrojar luz sobre algunas vías. Una columna de datos clínicos proporciona una lista de medicamentos de quimioterapia que recibió el paciente y estoy bastante seguro de que hay muchas posibilidades en esta columna, pero no sé nada sobre cómo funcionan los medicamentos de quimioterapia o qué tipo de cosas tiene sentido clasificar sobre ellos.
Estoy haciendo una hoja de cálculo que tendrá las siguientes columnas:
Drug_Name
Number_of_Patients_Received
Mechanism
Associated_Drugs
Pero no sé qué más es importante saber sobre estos medicamentos. ¿Qué cree que es importante saber para ayudar a comprender cómo estos medicamentos podrían haber jugado un papel interactivo con las vías? Además, si tiene recomendaciones de recursos en línea, le agradeceré que los mencione con una breve explicación de lo que podría encontrar allí. Pero mi pregunta principal es si debo buscar estos medicamentos para ayudarme a comprender su papel/impacto.
Existe esta base de datos de interacciones genéticas/drogas, que creo que es exactamente lo que estás buscando.
Probablemente su mejor enfoque sea clasificar sus medicamentos en un par de categorías de acción diferentes. Algunos medicamentos tendrán que estar en varias categorías a la vez (me refiero a las antraciclinas), mutágenos dependientes de la dosis (cisplatino), mutágenos dependientes del crecimiento (fluorouracilo), inhibidores de la topoisomerasa, inhibidores de la tirosina quinasa, inhibidores de microtúbulos, señalización de retinoides, adyuvantes, y luego 'misc'.
Los agentes alquilantes y los medicamentos que contienen platino, como el cisplatino, dañan directamente el ADN, mientras que existen otros medicamentos (metotrexato, fluorouracilo) que destruyen o dañan el ADN haciéndose pasar por nucleótidos y rompiendo las cosas de esa manera.
Las antraciclinas se unen a las hebras de ADN dañándolas, crean directamente radicales libres, desactivan la topoisomerasa II y desplazan las histonas.
Están los inhibidores de la topoisomerasa que impiden el crecimiento celular al evitar que el ADN se desenrolle para la replicación.
Hay una clase bastante diversa (químicamente) de 'inhibidores mitóticos' que arruinan la formación de microtúbulos o la disolución adecuada de microtúbulos, cualquiera de los cuales previene la mitosis.
Sunitinib bloquea las tirosina quinasas, que están involucradas en la formación de vasos sanguíneos (y formación de nervios y algunas otras cosas). Otros inhibidores de la tirosina quinasa son más específicos para los receptores del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF), pero la mayoría de las tirosina quinasas se dirigen más o menos específicamente a los receptores VEGFR y relacionados. Algunos son anticuerpos, otros son solo moléculas pequeñas que se unen a los TKR.
Hay algunos medicamentos relacionados con los retinoides, la mayoría de los cuales influyen en las vías de la vitamina A, como la tretinoína, el bexaroteno, etc. Uso dual en cremas para la piel.
Los inmunoadyuvantes están diseñados para activar el sistema inmunológico para ayudar en la destrucción de las células tumorales. Interferón-alfa, imidazoquinolina, etcétera.
En la categoría miscelánea: Bortezomib, un péptido corto que interfiere con la degradación adecuada de proteínas. La L-asparaginasa ralentiza toda la producción de proteínas al destruir la asparagina, un aminoácido. Algunos cánceres de la sangre responden a los corticosteroides y algunos cánceres de ovario/testículo se tratan con inhibidores de hormonas sexuales. Casi todos los venenos transmitidos por la sangre funcionan como agentes de quimioterapia debido al efecto EPR , por lo que a veces también se usan metales pesados o isótopos radiactivos. El trióxido de arsénico, por ejemplo, es solo arsénico.
También vale la pena considerar los esteroides que se administran junto con el tratamiento del cáncer (dexametasona) para mitigar los efectos secundarios. Como hormonas reguladoras, las inyecciones regulares de esteroides tendrán un gran impacto en la regulación genética. Si nada más, es un efecto de confusión que deberá controlar.
Las preparaciones/disolventes de agentes de quimioterapia también pueden ser importantes. Cremophor se usó para suspender algunos medicamentos contra el cáncer, pero los desarrollos recientes implican que podría estar desapareciendo.
La resonancia proporcionó un buen esquema de clasificación general que podría implementarse para categorizar agentes quimioterapéuticos. Otro recurso que podría utilizarse es el siguiente: http://www.genome.jp/kegg/drug/ . Esta es una clasificación bastante buena de medicamentos basada en el recurso ATC ( http://en.wikipedia.org/wiki/Anatomical_Therapeutic_Chemical_Classification_System ). Estos dos recursos son buenos puntos de partida.
Slavatrón
resonante