¿En qué hebra de ADN está presente la caja TATA?

La caja TATA es una característica de los organismos que tienen dsDNA como material genético. Como la mayoría de los elementos promotores de dsDNA, la caja TATA es básicamente una sección de dsDNA.

Sin embargo, una pregunta como "¿En qué hebra de ADN está presente la caja TATA?" depende de lo que defina como TATA-box.

Si sigues esta definición :

En biología molecular, la caja TATA (también llamada caja de Goldberg-Hogness) ^[2] es una secuencia de ADN (elemento regulador cis) que se encuentra en la región promotora de genes en arqueas y eucariotas.

entonces TATA-box es simplemente una secuencia de ADN y es solo una representación de una región de ssDNA. Sin embargo, TATA-box también es el sitio de unión para TBP (proteína de unión a TATA; parte del complejo TFIID). Mientras que el reconocimiento de elementos de ADN por parte de los TF se efectúa mediante la interacción de residuos de aminoácidos con bases de ADN y la columna vertebral en una o ambas cadenas , la unión de TF y su actividad tienen una estereoquímica.

Asimismo, TBP también interactúa con las bases, así como con el esqueleto de azúcar-fosfato en ambas hebras ( Juo et al., 1996 ; PDB:1TGH ).

_{Figura 2 . Dibujos de pares estéreo del complejo TBP/ADN humano, con TBP a la derecha y el dúplex CGTATATATACG fuertemente doblado a la izquierda. (a) Dibujo esquelético de Molscript (Kraulis, 1991). Los residuos de TBP que interactúan con el suelo del surco menor se muestran en rojo con códigos de aminoácidos de una letra, y los residuos que interactúan con el esqueleto de azúcar/fosfato se muestran en verde. La hebra codificante del ADN es de color azul oscuro y la hebra no codificante es de color azul claro .. Los dos pares de bases amarillo-verde en la parte inferior son el paso T1-A2 que está torcido por residuos de fenilalanina intersticial, mientras que el paso torcido equivalente en T7-A8 está marcado en naranja. (b) Diagrama de estructura secundaria, con hélices a como bobinas y hebras de hoja b como flechas de cinta plana que apuntan a lo largo de la dirección de la cadena N a C. Código de colores como en (a).}

Teniendo esto en cuenta, puede decir que TATA-box es esencialmente una región dsDNA.

Sin embargo, otro giro en la historia es que TBP también puede activar genes con promotores sin TATA ( Kamenova et al., 2014 ) y esto posiblemente sea facilitado por otras proteínas asociadas de TBP en el complejo TFIID.

Nuestros resultados son consistentes con el modelo de que los contactos TBP-DNA específicos de secuencia no son importantes en los genes TATA-less de levadura y sugieren que otros factores de transcripción generales o subunidades coactivadoras son responsables del reconocimiento de los promotores TATA-less. Nuestros resultados también explican por qué los derivados de TBP de levadura defectuosos para la unión a TATA parecen defectuosos en la transcripción activada.

Esto todavía no se contradice con el hecho de que los promotores de TATA necesitan TBP y la unión está en ambas hebras.

Entonces, mi conclusión es que TATA-box es un elemento dsDNA pero tiene una polaridad en su modo de acción.

Probablemente sea demasiado tarde, pero eso es lo que encontré en un libro:

"Además, por convención, los elementos de la secuencia reguladora del ADN (caja TATA, etc.) se describen en la dirección 5' a 3' y como si estuvieran en la hebra codificante".

Referencia: Bioquímica ilustrada de Harper, vigésima sexta edición, capítulo 37 SÍNTESIS, PROCESAMIENTO Y MODIFICACIÓN DEL ARN, página 345, figura 37-5.