Estrictamente hablando, ¿cuál es la definición de ADNc? Esto me confunde, ya que generalmente se dice que se refiere al ADN que es complementario al ARNm. ¿Es esto correcto? ¿Está restringido al ARNm maduro?
También encuentro la direccionalidad muy confusa. Tal como lo entiendo, el ARNm tiene una secuencia equivalente (menos intrones, después del empalme) a la llamada "hebra codificante" de ADN. ¿Significa esto que el ADNc elaborado a partir de ARNm, al menos antes de ser tratado con una ADN polimerasa, también es complementario al ADN genómico original? ¿Es esta la mejor definición (también he visto que se usa, aunque la primera definición parece mucho más común)?
Por último, según tengo entendido, cada cromosoma tiene una hebra directa e inversa, definida por convención, pero la hebra "codificadora" de un gen dado es aleatoria. Esto parece contrario a la intuición ... ¿es solo porque ambos hilos son equivalentes? ¿Introduce complicaciones en términos de que la célula "sabe" qué hebra es la hebra codificante de un gen?
La respuesta más votada a esta pregunta ( http://www.biostars.org/p/3423/ ) me confundió aún más. Siento lo mismo que 'Onefishtwofish', en las respuestas. ¿Alguien puede aclarar?
Es una buena pregunta y también me ha confundido.
Una definición estándar de cDNA es que es un producto de doble cadena (ds) de mRNA maduro. Supongo que es posible obtener una hebra de ARN naciente copiada en ADNc, pero nunca he oído hablar de eso.
Debido a que el cDNA es dsDNA, la hebra original está hecha de su mRNA como la hebra complementaria, pero luego desecha el RNA y hace la segunda hebra para obtener una molécula estable y reproducible. La molécula de dsDNA total es a lo que nos referimos como cDNA (no una sola hebra de este material).
considere esta molécula de ADN simplificada:
ATG-INTRON-CTCTAG
TAC-INTRON-GAGATC
esto podría transcribirse en el siguiente ARNm (correspondiente a Met-INTRON-Leu-Stop):
AGO-INTRON-CUCUAG
antes de la exportación nuclear, se elimina el intrón, lo que produce ARNm maduro:
AUGCUCUAG
haces ADNc a partir de esto:
ATGCTCTAG
TACGAGATC
Entonces, tiene tanto una hebra codificante como una complementaria en su ADNc.
En cuanto a la direccionalidad en el cromosoma, los genes pueden estar en cualquier dirección (lo que significa que pueden usar cualquier hebra como hebra codificante), pero recuerde que las fuerzas que contribuyen a la transcripción están determinadas localmente (ensamblaje de factores de transcripción, etc.) y pagan sin importar en qué dirección van o en qué hebra están en relación con cualquier otro gen. Los hilos están etiquetados como positivos y negativos, pero eso es solo una referencia para orientarse. Un buen lugar para explorar el genoma humano (o de otras especies) es el visor de mapas del NIH . Haga clic en un cromosoma para ver los genes asignados a él. Tenga en cuenta que la columna etiquetada como 'O' es para orientación.