¿En qué hebra se asienta el promotor?

Mi libro sigue dando diferentes indicadores sobre si los promotores están en el hilo de codificación o de plantilla.

  • Dice que la región -35 en procariotas debe estar en la cadena de codificación. También menciona que las regiones -10 y -35 son sitios de unión para la ARN polimerasa.

  • También dice que CAAT y GC, a diferencia de -35 en procariotas, también pueden estar en la hebra molde. Lo que implica que todavía son más comunes en la cadena de codificación. Y luego me muestra una figura, donde se muestra una secuencia promotora en la hebra molde, con el complejo de transcripción adjunto.

Todas las secuencias se escriben 5'-TATAAA-3' (por ejemplo). Esto también implica que están en la hebra codificante, ya que la hebra plantilla será 3'->5', que es la dirección en la que ocurre la transcripción.

Obviamente estoy confundido, y espero que alguien pueda aclarar esto. ¿En qué hebra puedo encontrar los promotores? ¿Las cosas actúan sobre la propia secuencia promotora o sobre su secuencia complementaria? Si el promotor también puede estar en la otra hebra, ¿debería invertirse?

Los promotores suelen estar en la cadena de codificación (que es la que se transcribe) delante del sitio de inicio de la transcripción.
@Chris No creo que sea correcto decir que la cadena de codificación se transcribe: la cadena de codificación del ADN tiene la misma secuencia que el ARN producido por la transcripción (excepto T> U). La otra hebra del ADN es la plantilla para la síntesis del ARN.
Tienes razón. Todavía me confundo con esto de vez en cuando. Gracias por corregir
Se me ocurre que hay un uso de "o" que puede confundir. Por encima de "están en la hebra de codificación o plantilla" también podría escribirse "están en la hebra de codificación, poco común también conocida como hebra de plantilla". Sin embargo, claramente el autor quiere saber de qué lado están físicamente los promotores.
Haciendo referencia a "... también pueden estar en la hebra plantilla. Lo que implica que todavía son más comunes en la hebra codificante. Y luego me muestra una figura, donde se muestra una secuencia promotora en la hebra plantilla..." Hay mentiras sin contracción; por qué dices "y entonces" (me suena a alemán :-). En otras palabras, el promotor puede estar de un lado, porque de un lado hay gráficos. Eso parece ser coherente, desde el lado del libro de texto.
De todos modos, ¿puede ofrecer algún enlace o decir qué libro de texto estaba leyendo? ¿Cualquier otro? Yo, me sorprendió descubrir que el promotor "se sienta", vea a continuación, en la hebra de plantilla / antisentido, como aprendí antes, que puede sentarse en la hebra de codificación. Gracias a su pregunta, ahora puedo asumir que es diferente para los procariotas. ¿Conoce algún problema paralelo de regla/excepción con eucariotas?

Respuestas (2)

La respuesta a esta pregunta depende de la definición de la palabra "promotor".

En el modelo más simple posible de transcripción procariótica, el promotor es el sitio donde la ARN polimerasa se une al ADN antes de iniciar la síntesis de ARN. En este proceso, el factor σ reconoce los elementos promotores centrales que dirigen a la polimerasa para que se una al ADN y forme el complejo cerrado. El siguiente paso es el cambio al complejo abierto que implica la separación de las hebras de ADN.

Los artículos que describen la investigación de la interacción del factor σ con el ADN (por ejemplo , aquí ) se refieren a la proteína que hace contactos con pares de bases. Por lo tanto, concluyo que la pregunta original no tiene sentido: un promotor es una entidad de dsDNA aunque podamos describirlo en términos de la secuencia en una u otra de esas cadenas. Entonces, por ejemplo, en un promotor, la secuencia consenso -35 - 5'-TTGACA - estaría presente en la cadena codificante (aguas arriba de la secuencia codificante), pero la propiedad promotora de la secuencia se debe a la presencia de esta secuencia y su complemento en la otra hebra.

1. "El siguiente paso es el cambio al complejo abierto": es difícil imaginar que la polimerasa no necesite las hebras ya abiertas para unirse. 2. A partir del resumen del enlace que proporcionó, sigma parece específico de las especies. Un sigma para cada especie. ¿Es relevante para la pregunta? 3. "...la propiedad promotora de la secuencia se debe a... ya su complemento en la otra hebra". Por "propiedad" quiere decir que, como ambas hebras se han mantenido juntas, el promotor también podría definirse por la hebra sentido, que se llama hebra codificante, ¿puedo decir "hebra denominadora"?
Nuevamente, de acuerdo con su respuesta, al menos con los eucariotas, el promotor físicamente nunca miente o actúa en el hilo de codificación/sentido, ¿verdad? (Esto es tan esencial...)

El promotor no se encuentra en ninguna parte... simplemente está presente ... el factor de transcripción se encuentra en él: P

Bromas aparte ... Agregando un poco más de información a la respuesta de Alan Boyd:

Como señala Alan Boyd, los términos codificación o plantilla se refieren a la región que se transcribe. Por lo general, los factores de transcripción (TF) que se unen al ADN tienen un dominio de unión al ADNdc y, por lo tanto, se unen a ambas cadenas. Sin embargo, los dominios de reconocimiento de secuencias son específicos y generalmente escanean el ADN , reclutando5'-> 3' posteriormente ARN-polimerasa en la misma orientación. Pero hay aspectos adicionales a esto:

  • Los elementos promotores/reguladores suelen estar aguas arriba, pero también aguas abajo del SST en varios casos.
  • La actividad de un elemento promotor depende del TF que se le une. Algunos TF pueden controlar todo el locus genómico, es decir, afectan a varios genes, tanto aguas arriba como aguas abajo.
¿En qué hebra se asienta el promotor?
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