He realizado una PAGE nativa con 4 mezclas de reacción. A cada uno se le había añadido un volumen igual de EDTA (1 µl/1 mM) para secuestrar los iones divalentes y un volumen igual de calmodulina (5 µl/0,5 mg/ml). Agregué 2 µl de iones de calcio (2 mM), magnesio (2 mM) y manganeso (2 mM) respectivamente a tres mezclas de reacción y obtuve un control que se completó hasta un volumen igual con Tris-HCl. Todas las mezclas de reacción se completaron hasta 10 µl con Tris-HCl. Aquí me encontré con un problema con los baños de agua y las reacciones no se podían incubar a 37 grados centígrados.
Después de agregar el tampón de carga a cada uno, agregué las 4 mezclas de reacción al gel de poliacrilamida y sometí a electroforesis durante 45 minutos a 150 V. Después de esto, coloqué el gel en tinción azul de Coomassie durante 20 minutos.
Después del proceso de decoloración, revisé el gel para encontrar que la calmodulina en los 4 carriles había migrado la misma distancia. Esperaba que el control de EDTA hubiera migrado más lejos en el gel, con Ca2+ y Mn2+ migrando distancias similares debido a sus radios iónicos similares; por lo que es un buen sustituto de la unión a la calmodulina. No estaba seguro de qué tan lejos viajaría el Mg2+, ya que pensé que tendría una menor afinidad con la calmodulina debido a su unión al extremo N-terminal en lugar del extremo C-terminal. Sin embargo, me preguntaba si esto era insignificante en ausencia de Ca2+, aunque ahora no puedo estar seguro debido a los resultados del gel.
Me preguntaba qué errores en el diseño o proceso experimental podrían haber resultado en esto. Y si el experimento se ejecutó correctamente, ¿qué resultados se esperarían?
La primera imagen es el resultado que esperaba. El segundo son los resultados de mi electroforesis en gel.
El cambio en la distancia de migración del gel se debe a los cambios de conformación debidos a la unión del ion y no tiene nada (detectable) que ver con el radio iónico del ion.
La imagen de la izquierda muestra calmodulina sin ligando unido, y la imagen de la derecha la muestra con calcio y péptido unido a ella.
Como puede ver claramente, la calmodulina no unida es significativamente más delgada y, por lo tanto, puede migrar más rápido a través del gel. El cambio de carga en la proteína debido a la unión de cationes en PAGE nativo también puede afectar el resultado.
Dado que el cambio conformacional de la calmodulina es potenciado tanto por un péptido como por cationes de calcio , así como por su estado de fosforilación, sería razonable investigar las contribuciones de estos factores a su resultado. También puede ser útil leer el documento original nuevamente para ver qué se perdió la primera vez.
canadiense
WYSIWYG
cris
usuario14821
usuario14821
canadiense
WYSIWYG