Problemas con SDS-PAGE, sin separación: ¿cuál podría ser el problema?

Trabajo en un laboratorio donde tenemos un stock común de 30 % de acrilamida, TEMED, TRIS-HCl (pH 6,8 y pH 8,8) y una solución de SDS al 10 % (p/v) de pH 7,2.

Usamos la receta para cargar el búfer (que, por supuesto, mezclamos con BME antes de usar):

  • 3,15 ml de agua MilliQ
  • 1,25 mL 0,5 M Tris-HCl
  • 2,9 ml de 85 % de glicerol
  • 2 mL 10% SDS
  • 0,4 ml de azul de bromofenol al 0,5 % (p/v)

Nuestro problema es que no hay separación.

Intenté hacer 2 geles porque pensé que podría haber mezclado el gel de separación y el de apilamiento, pero me aseguré de no hacerlo la segunda vez. Luego le pedí a otra persona que hiciera el gel, y tampoco funcionó para ellos (nada en el gel, sin muestras, sin escalera).

Luego rehice la solución de SDS al 10 % y los dos tampones TRIS, pero de nuevo ocurre algo extraño ya que no obtenemos nada en el gel.

Obviamente, los geles están polimerizados, ya que es un gel sólido cuando se saca para teñir y desteñir, y no entiendo cómo el tampón de carga puede hacer esto incluso si lo estropea (porque debería ver algo en el gel siempre que su muestra en el pozo, incluso sin desnaturalizar). Obviamente rehicimos el tinte de carga y lo intentamos de nuevo, pero esto no funciona.

Sé que hay proteína en las muestras, ya que estoy colocando el sedimento celular y la proteína purificada (cuya actividad catalítica probé) en el mismo gel.

¿Alguien tiene una explicación racional para esto, o sugerencias de lo que normalmente puede estar mal?

A continuación se muestra una imagen de cómo se ve el gel cuando está casi terminado funcionando a 200 V (80 mA) durante aproximadamente 40 minutos. Cuando teñimos y destiñemos no queda nada en el gel. También creo que el color (azul de bromofenol) se ve un poco extraño en el gel, no como debería hacerlo normalmente, vea la imagen a continuación, pero tal vez me esté volviendo un poco paranoico.

Gel funcionando a 200V con 80mAmp

¿Intentaste ejecutar una proteína diferente? ¿O colorear la proteína del gel para ver si realmente se tiñe?
También intente usar una escalera de proteína preteñida en uno de los pocillos. (Preferiblemente uno que venga premezclado y no necesite cargar tinte/calentamiento/BME). Eso debería separar los problemas con su gel/condiciones de funcionamiento de cualquier problema con su proteína/carga de tinte/proceso de tinción.
¿Otras personas en su laboratorio pueden ver la proteína en sus geles? No su proteína específica, sino cualquier otra proteína con la que estén trabajando. En caso de que no tenga marcadores teñidos previamente, esto también debería indicarle si se trata de un problema de gel/tinción o un problema con su proteína específica. Además, ¿cuánta proteína estás cargando?
Gracias por la entrada, después de reajustar el pH de todo y hacer un nuevo tampón de ejecución con una nueva solución SDS, la separación parece haber regresado. Todavía es un poco misterioso, pero tal vez el SDS (de repente) envejeció y, dado que está tanto en el tinte de carga, el tampón de ejecución y el gel, simplemente no funcionó. He estado leyendo un poco y parece que algunos dicen que el 10% SDS no debería tener más de 6 meses, el nuestro tenía 5 años pero había estado funcionando bien hasta hace una semana.

Respuestas (1)

Después de reajustar el pH de todo y hacer un nuevo tampón de ejecución con una nueva solución SDS, la separación parece haber regresado.