Tengo un conjunto anotado de SNP y me gustaría explorar la diferencia en la afinidad de unión del factor de transcripción (TF) si tengo un SNP en mi locus. A medida que se anotan mis SNP (sé si está en una variante de intrón, variante de gen aguas abajo, variante de misiones, etc.) Podría explorar la afinidad de unión de esos SNP que se clasifican como variante de intrones, variante de aguas abajo, variante_de_gen_aguas arriba, variante_de_transcripción_no_codificante , 5_prime_UTR_variant y no tener en cuenta los SNP que son "variantes sin sentido". La razón por la que quiero hacerlo es que los sitios de unión del factor de transcripción (TFBS) pueden estar ubicados antes y después del gen.
¿Qué piensa usted al respecto? ¿Se puede ubicar un TFBS en el exón de un gen? ¿Cuáles son las ubicaciones de TFBS con respecto a los exones, intrones, 5 'UTR, etc.?
Vincularía sus datos con el conjunto de datos ENCODE . Este conjunto de datos proporciona ubicaciones de TFBS. También se puede acceder a él a través del navegador del genoma de la UCSC .
Para la pregunta real, los TFBS se encuentran prácticamente en todas partes, incluidos los exones (como se describe aquí ), los intrones y, por supuesto, las regiones intergénicas (por ejemplo, potenciadores, silenciadores, regiones de locus de control, aquí una referencia).
perry