Se supone que debo calcular la tasa relativa de evolución de dos secuencias (humana y oveja) con un pollo como grupo externo. Las secuencias son bastante largas, así que solo crearé un breve ejemplo ya que solo quiero aprender el proceso (se espera que usemos recursos en línea para resolver nuestros problemas de tarea ya que es una clase en línea, pero no puedo encontrar ninguna ejemplos).
Humano: GGATGCGCCT
Oveja: GGACGCGCCT
Pollo: GGACACGCCT
¿Puede alguien mostrarme cómo hacer esto? Aquí está mi suposición de la información limitada que encontré, pero tengo poca o ninguna confianza en que sea correcta:
p-distancia de humano/pollo = 2
p-distancia de oveja/pollo = 1
tasa relativa de evolución = 2/1 = 2
¿Es esto correcto? Si no, ¿puede alguien mostrarme cómo hacerlo correctamente?
Este tipo de cosas normalmente se calcula usando el ratio , la proporción de sustituciones sinónimas a no sinónimas. No es suficiente contar las mutaciones para codificar secuencias, también debe tener en cuenta si esa mutación realmente cambiará o no el producto resultante.
Existen varias herramientas en línea que pueden ayudarlo a hacer esto, por ejemplo Phylemon: