dendroscopio

Usando Dendroscope , abrí el archivo de ejemplo provisto trees.new. Esto abre una nueva ventana con 16 árboles en ella.

1. Mayús, haga clic en los dos primeros árboles ( Tree1y Tree2).
2. ElegirAlgorithms $\rightarrow$ Tanglegram...
3. Esto calculará el tanglegrama y abrirá una nueva ventana.

En este punto, obtengo:

No hay nada especial en el trees.newarchivo, solo 16 árboles Newick. Entonces parece que todo lo que necesita es tener sus árboles en el mismo archivo o usarFile $\rightarrow$ Add from file.

Creo que la parte complicada es que sus árboles deben tener las mismas etiquetas en las puntas, para que puedan alinearse de manera óptima. Entonces, en su ejemplo, Phalacrocorax pygmaeus y Pectinopygus excornis deben haber sido nombrados de la misma manera en el archivo Nexus original y luego modificados para producir la figura final.

ÁrbolMapa 3

TreeMap requiere una configuración preliminar. Básicamente, crea un archivo Nexus manualmente. Usando el 4taxonmatcharchivo de los ejemplos , puede obtener el diseño básico. Tienes un HOSTbloque y un PARASITEbloque. Dentro de cada uno de ellos hay un TREEbloque que contiene el árbol con formato Newick.

El RANGEbloque dentro del DISTRIBUTIONbloque contiene la tabla de mapeo. Aquí pse asigna a u, etc. Esta es la conexión entre el anfitrión y el parásito.

#NEXUS
BEGIN HOST; 
TREE * Host1 = (u, (v, (w, x))); 
ENDBLOCK; 

BEGIN PARASITE;
TREE * Para1 = (p, (q, (r, s))); 
ENDBLOCK; 

BEGIN DISTRIBUTION; 
RANGE 
    p: u, 
    q: v, 
    r: w, 
    s: x
; 
END;

Por el contrario, obtienes el árbol correctamente etiquetado directamente. Vea abajo.

Puede probar el paquete R dendextend . La función tanglegrampuede hacer el truco. Varias funciones asociadas también están disponibles para obtener gráficos con enredos mínimos, como untangle_step_rotate_2side.

Debo confesar que no sé nada sobre filogenética y el software asociado, pero de acuerdo con el resumen de este artículo , parece que usaron BEAST para mapear la coalescencia de huéspedes y parásitos en evolución conjunta.

Además , este artículo probablemente sea de su mayor interés, ya que compara la eficiencia de diferentes programas para construir tanglegramas.

Jane 4 (software para la reconciliación de cofilogenia) tiene un visor de tanglegramas con un editor interactivo. ( https://www.cs.hmc.edu/~hadas/jane/ )

Recomiendo el mezquite, con el que he usado para crear árboles de filogenia. Hay algunas complejidades al usarlo, ¡pero hay mucha documentación en su página web! https://www.mesquiteproject.org/