Cuando estaba investigando las diferencias entre las estructuras de proteínas obtenidas por cristalografía de rayos X y espectroscopia de RMN, encontré el artículo [1] que comparaba estructuras de varias proteínas resueltas tanto con rayos X como con RMN. La desviación media cuadrática media (RMSD) entre las estructuras de RMN y de rayos X es de 1,4 Å (máx. 3,6 Å), y la RMSD media entre diferentes estructuras de RMN para la misma proteína es de 0,4 Å (máx. 1,3 Å). Revisé algunas proteínas estudiadas en este documento, y en su mayoría tienen entre 100 y 200 residuos de largo.
Sin embargo, hay muchos artículos (por ejemplo, [2], [3], que tratan con proteínas de tamaño similar) que basan sus afirmaciones sobre las transiciones conformacionales en estructuras con una diferencia de RMSD de 1–2 Å.
Me pregunto qué se considera RMSD confiable entre dos estructuras para sacar conclusiones sólidas sobre las transiciones conformacionales (por ejemplo, sobre la unión del ligando) en lugar de simples fluctuaciones térmicas o perturbaciones causadas por el método para obtener la estructura.
Por supuesto, la mejor manera (al menos en mi opinión) de distinguir la transición conformacional real de las fluctuaciones térmicas es medir su vida útil, pero a menudo no es una opción.
La mejor manera de distinguir la "transición conformacional real de las fluctuaciones térmicas" en una proteína es (determinar y) comparar las estructuras de resolución atómica de la proteína libre de ligando y ligada.