¿Qué tan interrelacionadas están la biología computacional y la biofísica? [cerrado]

Estoy considerando aplicar a Ph.D. programas, y no estoy seguro de qué dirección tomar. Espero que todos puedan ayudarme.

Tengo experiencia tanto en biología (enfoque molecular) como en física (materia condensada y matemáticas, con mucha teoría). Varios años de experiencia en la industria trabajando en laboratorios de biología molecular e investigación genética.

Mi principal interés es el modelado matemático de sistemas biológicos y llevar este conocimiento a la función de ingeniería. Esencialmente, lo que veo como una combinación de biofísica, biología de sistemas y biología sintética.

Aquí está el dilema. Es importante para mí, en caso de obtener un doctorado, tener una base sólida y capacitación en los principios fundamentales de la física y las matemáticas, porque quiero poder derivar nuevas teorías, modelos y métodos cuando sea necesario. Esto me lleva a pensar que la biofísica o las matemáticas aplicadas son el área "correcta" para hacer mi doctorado. Pero la biofísica es muy amplia y la biología de sistemas es solo una pequeña parte. También se elimina de las aplicaciones en bioingeniería.

Sé que la biología computacional y de sistemas entremezcla la biofísica, las matemáticas aplicadas, la genética, la informática y varios otros campos. También parece que el tipo de investigación que me interesa se realiza típicamente en grupos de biología computacional y de sistemas. Pero me gustaría saber si los biólogos computacionales, además de hacer simulaciones, también suelen trabajar en la derivación de nuevos modelos/teorías en biofísica. ¿O generalmente aplican este conocimiento para construir simulaciones y comprender conjuntos de datos (es decir, eliminados de la investigación biofísica fundamental)? No quiero ser un programador, quiero ser un teórico que usa herramientas computacionales (y solo programas cuando es necesario para simular algo) para resolver problemas que no se pueden resolver analíticamente.

¿Es la biología computacional y de sistemas un "término general" apropiado para lo que me gustaría hacer? ¿O estaría mejor preparado para un doctorado en física? e intentar tender un puente entre esa formación y la investigación en biología de sistemas?

Además, ¿qué tan difícil es cambiar a un campo relacionado si surge la oportunidad? ¿Pueden los biólogos computacionales, que también están interesados ​​en el trabajo de ingeniería, construir un modelo de un sistema y luego trabajar con otros para ayudar a diseñarlo?

Mi preocupación general es encasillarme en un campo en el que no quiero pasar décadas trabajando. Quiero mantener la flexibilidad en el rango de la biofísica a la bioingeniería, y trabajar en problemas cuando surja la necesidad. Además, ¿en qué campo se encuentran realmente mis intereses de investigación? Creo que a menudo depende de la universidad y del departamento específico, por lo que es una pregunta difícil de responder para mí...

Gracias por adelantado por cualquier contribución.

Respuestas (1)

La biología computacional es solo la aplicación de computadoras para resolver problemas en biología. Puede significar usar el aprendizaje automático para identificar regiones reguladoras en el ADN o puede ser resolver un sistema complejo de ecuaciones diferenciales para modelar reacciones químicas en alguna vía metabólica. Si una formación en física, química, biología, matemáticas o informática es más central depende del problema exacto en el que desea trabajar y, de hecho, en qué aspecto del problema desea trabajar.

Además, ¿en qué campo se encuentran realmente mis intereses de investigación? Creo que a menudo depende de la universidad y el departamento específico,

¡Bingo! Sus intereses son claramente interdisciplinarios, por lo que para cualquier pregunta de investigación dada, diferentes investigadores en diferentes campos trabajarán en diferentes aspectos del problema. ¡Las disciplinas académicas no pueden declarar monopolios sobre problemas de investigación!

tu doctorado requerirá que pase de 4 a 6 años trabajando en un problema MUY específico. Sería maravilloso si pudiera averiguar exactamente a qué problema de investigación desea dedicar los próximos 6 años y luego elegir el Ph.D. programa basado en su programa de investigación sobre ese problema. Aunque esto es raro. Más típicamente Ph.D. los estudiantes tienen que pasar uno o dos años haciendo rotaciones y hablando con posibles mentores antes de elegir un problema de investigación. En ese caso, tendrá que decidir qué disciplina académica le atrae más y luego encontrar un departamento en esa disciplina que parezca tener muchas colaboraciones con las otras disciplinas que le atraen. Véase El asno de Buridan ;

¡Gracias! Justo la respuesta que estaba buscando. De hecho, sé el problema en el que quiero trabajar. Quiero tomar un sistema biológico (actualmente trabajando en la industria agrícola; así que tome plantas en este caso, pero estoy abierto a otros) y aplicar métodos de biología de sistemas para predecir mejor el fenotipo y averiguar qué partes deben cambiarse/diseñarse /modificado para conducir la planta (u otro sistema) a un estado deseado (por ejemplo, resistencia a enfermedades). Pero, una respuesta de "panorama general" a esto puede requerir nuevos métodos matemáticos aplicados (teoría de grafos) o biofísicos (mecánica estadística) que aún no se conocen.
Pero "todavía no sé lo que aún no sé", si eso tiene sentido. Entonces, ¿es mejor ir más fundamental? (biofísica --> mecánica estadística, matemática aplicada --> teoría de grafos, teoría de grupos) ¿O más aplicada (biología computacional, biología de sistemas)? Intelectualmente, creo que prefiero ir más fundamental y hacer la transición a aplicado/computacional (creo que es más difícil hacer lo contrario). Pero realmente creo que esto puede estar limitando futuras oportunidades laborales (¿quién contrataría a un doctor en biofísica para un trabajo computacional cuando tiene un doctorado en biólogo computacional para elegir)?
(es decir, no es solo una pregunta de "¿qué me interesa?", sino también "¿cómo obtengo un trabajo estable al final de mi pregunta de doctorado?") Lo que lo hace mucho más complicado. :(
'Entonces, ¿es mejor ir más fundamental? (biofísica --> mecánica estadística, matemáticas aplicadas --> teoría de grafos, teoría de grupos)' No hay una respuesta general a esto. Depende completamente del problema y de tus gustos personales.
"No se trata solo de una pregunta de 'qué me interesa', sino también de '¿cómo obtengo un trabajo estable al final de mi doctorado?' pregunta) Lo que lo hace mucho más complicado. ' Esa es una pregunta diferente a la que hiciste. Tenga en cuenta que Stackexchange es un foro de preguntas y respuestas, no un foro de debate abierto. Use la función de chat para discusiones abiertas. En este momento, la demanda de expertos en aprendizaje automático y "ciencia de datos" es alta en una variedad de industrias. Si eso será cierto en 6 años, nadie lo sabe. Nadie puede darte garantías sobre esto, aparte de que los trabajos en la academia serán escasos.
"Esa es una pregunta diferente a la que hizo. Tenga en cuenta que Stackexchange es un foro de preguntas y respuestas, no un foro de debate abierto. Utilice el servicio de chat para debates abiertos". Sí, lo siento. No conocía el servicio de chat. El "puedo conseguir un trabajo haciendo esto" fue un importante corolario de mi pregunta. Quiero que lo que elija como disertación y subcampo se pueda emplear en la gama de campos de investigación que me interesan, si eso tiene sentido.
Siento que la biología de sistemas y, por extensión (ya que a menudo se agrupan en un departamento), la biología computacional tiene más sentido. Como ni siquiera sé necesariamente qué nuevos modelos o matemáticas deben usarse o crearse hasta que llegue a ese punto en biología de sistemas. Poner el carro delante del caballo y todo eso. De todos modos, gracias por la ayuda y perdón por la transición a la discusión abierta.
¿Qué tan interrelacionadas están la biología computacional y la biofísica? [cerrado]
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