Estoy trabajando con un objeto de red donde los nodos son diferentes eventos en biología molecular.
Específicamente; Actividad catalítica de X, expresión de ARN de X, actividad de X unida a GTP, actividad de quinasa de X, actividad de oxidorreductasa de X, actividad de fosfatasa de X, actividad transcripcional de X, fosforilación en el residuo Y.
¿Cuál es la diferencia entre la expresión del ARN y la actividad transcripcional? ¿Y cuál es el que está midiendo un microarray Affymetrix? p.ej.; actividad transcripcional de KLF2, actividad transcripcional de ATF2 ARN expresión de ARN HSPA1A y expresión de CYP1B1
En su caso, la expresión del ARN y la actividad transcripcional probablemente difieran en la etapa de procesamiento. La actividad transcripcional se refiere a la actividad de unión y procesamiento de la ARN polimerasa. Hay diferentes formas de medir esto experimentalmente, pero con un microarreglo estás midiendo la cantidad de transcritos reales en relación con el arreglo de control.
La expresión de ARN generalmente se refiere a la cantidad de transcritos maduros, pero a menudo se usa indistintamente con la actividad transcripcional. La distinción se hace en la etapa de extracción de la muestra y si el ARN se recuperó selectivamente o no usando selección poli-A u otros métodos que aíslan transcritos maduros.
Lo que medirá su micromatriz depende de la biblioteca de sondas construida en la matriz y de si está aplicando ARN total o ARN selectivo. Las sondas que coinciden con las transcripciones maduras informan sobre la expresión de ARN. Se pueden usar sondas que coincidan con transcritos inmaduros o nacientes para medir la actividad transcripcional.
Se requiere un diseño cuidadoso de la sonda para distinguir entre los diferentes niveles de procesamiento.
MCM