¿Qué secuencia de ADN tendrá una temperatura de fusión más alta: CCCCCC... o GCGCGC...?

Probé este servicio para calcular temperaturas. El método del vecino más cercano brinda consistentemente resultados más grandes para secuencias como GCGCGCsobre secuencias como CCCCCo GGGGG, mientras que otros métodos no dan una diferencia. ¿Es la característica del vecino más cercano o de hecho hay una diferencia en las temperaturas de fusión?

Respuestas (1)

Se midió experimentalmente la dependencia de la temperatura de fusión en diferentes pares de dinucleótidos; la calculadora de temperatura de medición se basa en esos resultados. Con base en estos resultados, vería que un GCpar de dinucleótidos diferiría de GGy CCpares. Posiblemente, esto se deba a efectos estéricos y conformaciones de apilamiento.

SantaLucía ( 1998 ; autor del modelo del vecino más cercano) se ha referido a diferentes estudios experimentales de los cuales se obtuvieron los valores, en la Tabla-1 del artículo.

Eso responde a mi pregunta, pero tengo curiosidad por saber si los tripletes y las secuencias más largas de nucleótidos también se han probado experimentalmente para determinar la temperatura de fusión.
@СашкоЛихенко No he comprobado si se han realizado estudios con trillizos. Sin embargo, creo que con tramos más largos de nucleótidos, habría factores adicionales que afectarían la unión (principalmente derivados de factores estéricos). Para secuencias más largas (oligonucleótidos), las personas realizan calorimetría de titulación isotérmica (ITC) para calcular la energía de unión y otros parámetros termodinámicos. Las personas también realizan análisis de fusión aumentando lentamente la temperatura. Esto proporcionaría la estimación in vitro más precisa de la temperatura de fusión.
¿Qué secuencia de ADN tendrá una temperatura de fusión más alta: CCCCCC... o GCGCGC...?
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