Soy un ingeniero informático (MSc en Ingeniería Informática) que busca cambiarse al campo de la biología sintética / de sistemas. Tengo una comprensión general de la evolución, la genética, la transcripción, etc., pero mis estudios académicos han sido en las áreas de informática, informática, ingeniería informática y matemáticas.
¿Alguien tiene una buena recomendación para la literatura estándar en el campo, para ponerme al día?
Biologia de sistemas
Wingreen & Botstein, quienes dirigen el curso de posgrado en biología de sistemas en Princeton, escribieron un artículo sobre cómo enseñar el tema (Wingreen & Botstein, 2006). En el documento, destacan los conceptos clave que creen que son cruciales para comprender la biología de sistemas moderna, e imparten el curso a través de la discusión de documentos fundamentales en el campo.
Aquí está la referencia... Wingreen, N. & Botstein, D. (2006) Regreso al futuro: educación para biólogos a nivel de sistemas. Nature Reviews Biología Celular Molecular. 7 (11), 829–832.
Desafortunadamente, el documento no es de acceso abierto, por lo que para aquellos que no pueden acceder al documentoeditar: ¡@uvesten encontró una copia gratuita en PDF ! He enumerado sus opciones a continuación, junto con el concepto clave que creen que cada uno proporciona...
Robustez (es decir, mantener la función a pesar de las fluctuaciones)
Barkai, N. & Leibler, S. (1997) Robustez en redes bioquímicas simples. Naturaleza. 387913–917.
Perspectiva evolutiva
Eisen, JA (1998) Un estudio filogenómico de la familia de proteínas MutS. Ácidos Nucleicos Res. 264291–4300.
Análisis de micromatrices (y más generalmente, la importancia de la visualización de datos)
Eisen, MB, Spellman, PT, Brown, PO y Botstein, D. (1998) Análisis de conglomerados y visualización de patrones de expresión de todo el genoma. proc. Academia Nacional. ciencia EE.UU. 9514863–14868.
Individualidad de elementos en un sistema:
Elowitz, MB, Levine, AJ, Siggia, ED y Swain, PS (2002) Expresión génica estocástica en una sola célula. Ciencias. 2971183–1186.
Máxima verosimilitud
Felsenstein, J. (1981) Árboles evolutivos a partir de secuencias de ADN: un enfoque de máxima verosimilitud. J. Mol. Evol. 17368–376.
Modelado biofísico
Hodgkin, AL (1958) Conferencia crooniana, movimientos iónicos y actividad eléctrica en fibras nerviosas gigantes. proc. R. Soc. largo B. Biol. ciencia 1481–37.
Procesos aleatorios y distribuciones:
Luria, SE & Delbruck, M. (1943) Mutaciones de bacterias de sensibilidad a virus a resistencia a virus. Genética. 28491–511.
Conmutación estable entre estados:
Novick, A. & Wiener, M. (1957) Enzyme Induction as an all-or-nenophenemene. proc. Academia Nacional. ciencia EE.UU. 43553–566.
Similitud de secuencia Smith, TF & Waterman, MS (1981) Identificación de subsecuencias moleculares comunes. J. Mol. Biol. 147195–197.
Biología sintética
Un buen lugar para comenzar en este tema es la red de Biología Sintética:
Tengo antecedentes similares (CS cambiando a biología de sistemas) y aprendí mucho leyendo "Biología de sistemas: un libro de texto" de Edda Klipp et al [1]. Es una muy buena descripción general de diferentes subáreas y está escrito de una manera que es más amigable para una mente técnica que la mayoría de los otros libros relacionados con la biología (es decir, conciso, al punto, no tímido con las fórmulas). La sección sobre técnicas experimentales es un verdadero tesoro, al menos para mí acostumbrarme a las formas en que podemos observar las células fue el mayor desafío.
Otro texto que puede consultar es "Introducción a la biología de sistemas" de Uri Alon, pero está muy orientado al modelado dinámico y le dará menos información general.
[2] http://www.amazon.com/Introduction-Systems-Biology-Mathematical-Computational/dp/1584886420
Hay un libro publicado recientemente, de Garland Science para biología de sistemas http://www.garlandscience.com/product/isbn/9780815344674
y un libro de texto clásico: Biología física de la célula http://www.garlandscience.com/product/isbn/9780815341635
He estado trabajando para preparar un plan de estudios de biología sintética para no biólogos y he encontrado un gran recurso en el "Primer for Synthetic Biology" del Prof. Scott Mohr (BU, Química) disponible aquí:
Mucha gente cambia a biología de sistemas desde una formación en matemáticas/física/informática y es posible que necesite un libro de texto de biología celular para actualizarse en el conocimiento de biología general.
* Para conocimientos de biología molecular: * Un texto de biología completo y confiable a nivel de posgrado es "Molecular Biology of the Cell" de Alberts:
* Para conocimientos de bioquímica, especialmente relacionados con las vías metabólicas: *Un libro de texto más centrado en bioquímica es el de Voet&Voet, que es muy completo: http://www.amazon.com/Biochemistry-BIOCHEMISTRY-VOET-Donald-Voet/dp/ 0470570954/ref=sr_1_1?s=books&ie=UTF8&qid=1361575189&sr=1-1&keywords=voet+bioquímica
usuario42010