Estoy tratando de encontrar enlaces de hidrógeno potenciales entre los donantes de hidrógeno y los aceptores de anillos aromáticos. Hago esto prediciendo la ubicación de los hidrógenos en los residuos y luego calculando qué tan lejos están estos hidrógenos de los anillos aromáticos. Si cierto Hidrógeno es <7.0 Angstroms de cierto anillo aromático, entonces lo tomo en consideración: formo el vector NH, que es el vector creado por el Hidrógeno en cuestión y el Nitrógeno en la columna vertebral del residuo al que pertenece el Hidrógeno. a. Pruebo que este vector NH está apuntando hacia el plano del anillo aromático, y también pruebo que el punto de intersección entre el plano del vector aromático y el NH está dentro de los 6 Angstroms del centro del anillo aromático.
Si se cumplen todas estas condiciones, lo considero un enlace de hidrógeno entre el hidrógeno y el anillo aromático. Sin embargo, mis datos deben ser incorrectos, porque estoy viendo situaciones donde un Hidrógeno es < 1.0 Angstrom desde el plano del aromático. Los átomos no deberían estar tan cerca uno del otro.
Probé minuciosamente mi método a mano utilizando una situación de ejemplo en la que mi código identificó uno de los hidrógenos de la cadena lateral en un ASN a 0,3 Angstroms del plano del aromático de un TRP. Desafortunadamente, no pude encontrar ningún error. Puede encontrar un PDF de esta verificación aquí .
Cualquier sugerencia sobre cómo mi método podría tener fallas sería muy apreciada.
si está utilizando estructuras de RMN, es posible que esté cometiendo el error de utilizar varias estructuras superpuestas: sería bueno desarrollar estructuras de rayos X con una resolución inferior a 2,0 A para empezar.
Algunos de los modelos a baja resolución pueden ser descuidados, pero presentados después de 1994 más o menos no tendrán ninguna distancia de centro a centro, ya que fue entonces cuando las estructuras de rayos X usaron modelos moleculares en lugar de solo la densidad de electrones de manera rigurosa y extrañas violaciones estéricas en la estructura. ser raro
Aún así, esto podría no estar mal: el hidrógeno podría estar apuntando directamente al centro del anillo aromático. Esto se ha observado bastante. En tal caso, la distancia del átomo al plano del anillo podría ser muy pequeña.
Solo debe preocuparse si la distancia de centro a centro entre los átomos es menor que el radio de vanderWaals. Filtraría la distancia de centro a centro del átomo y vería si ve violaciones.
Xander Dunn
Tomas Ingalls