¿Bases de datos para gráficos de redes reguladoras de genes?

¿Qué bases de datos están disponibles para gráficos de redes reguladoras de genes a partir de un gen dado? Por ejemplo, a partir del gen p53, ¿dónde puedo encontrar una imagen de red reguladora de genes que pueda exportarse o incrustarse en otro sitio web?

Respuestas (3)

Para obtener un recurso gratuito, pruebe GenMAPP . Los productos comerciales como Ingenuity Pathway Analysis hacen lo mismo con gráficos más bonitos y un enfoque curado para la creación de redes, pero el acceso puede ser costoso si no está afiliado a una institución que pague la factura.

Si no puede permitirse el ingenio, KEGG también se ha diversificado en redes reguladoras. Aquí está el enlace a su versión del camino.

http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04115.html

Es de uso gratuito como referencia y para la investigación académica.

¿Cómo llegaste a esta página? Quiero exactamente lo mismo para otros genes, pero sigo terminando en páginas que se ven así: genoma.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K02583 y no sé a dónde ir
Puedo hacer clic en 'menú de ruta' y luego usar el cuadro para buscar mis genes y obtener más diagramas como este.

Le recomiendo que visite Pathguide para tener una idea de cuán amplio es el catálogo de Pathway Databases. Buscar en la categoría Diagramas de vías o en Factores de transcripción / Redes reguladoras de genes debería ayudarlo en su tarea.

Comenzaría mirando estas bases de datos:

  • GeneMania
  • biocarta
  • Caminos Wiki
  • reactoma

Si está trabajando con una especie distinta a la humana, quizás encuentre una base de datos más adecuada en PathGuide.

¡Buena suerte!

PD: Lo siento, las limitaciones de los nuevos usuarios me impiden publicar más de dos enlaces:/

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