¿Varían los genes domésticos entre los tejidos?
irritable_phd_syndrome
Estoy trabajando en un proyecto de RNA-Seq y soy consciente de que algunos investigadores usan genes domésticos como método de normalización. Mi proyecto tiene varios tejidos diferentes, y me preguntaba si la expresión del gen de limpieza es generalmente invariable en todo el tipo de tejido.
Respuestas (2)
cris
Mi experiencia es: Sí, pueden variar bastante (según las diferencias en el perfil genético de las células) y hay que probarlo. Como introducción, puedo recomendar la lectura de los artículos que se enumeran a continuación. En su mayoría, están investigando esto en el contexto de la PCR en tiempo real, pero esto también debería ser válido para RNAseq. Para algunas aplicaciones, también es una buena idea usar más de un gen para la normalización.
Referencias:
- Normalización precisa de datos de RT-PCR cuantitativos en tiempo real mediante el promedio geométrico de múltiples genes de control interno.
- Selección de genes domésticos para estudios de expresión génica en reticulocitos humanos mediante PCR en tiempo real
- Genes de referencia / Genes domésticos
- Selección de genes de limpieza basada en ontología génica para la normalización de RNA-seq
código42
Depende de la definición de genes de limpieza. ENCODE lanzó recientemente ARN-seq de 17 tejidos en 8 etapas de desarrollo .
También se proporcionó una lista de genes domésticos .
No son exactamente constantes. Simplemente son menos variables que otros genes.
David
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MattDMo