¿Qué hace que los extremos pegajosos del ADN sean pegajosos?

Los extremos cohesivos son cohesivos porque tienen bases complementarias. Las enzimas de restricción típicamente utilizadas cortan las dos hebras de ADN complementarias en diferentes puntos, generando "extremos" o extremos pegajosos:

Estos voladizos permiten un emparejamiento de bases perfecto (C con G, A con T), que es el resultado de los enlaces de hidrógeno. Al igual que las moléculas de agua muestran una fuerte afinidad entre sí o con otras moléculas con grupos -OH y -H (p. ej., alcohol), los enlaces de hidrógeno entre los nucleótidos unen los extremos.

@MadScientist ha respondido muy bien a los principios del emparejamiento de bases en " ¿Por qué A se empareja con T y G con C? "

¿Qué son los extremos adhesivos? No hay ninguna sustancia que se adjunte haciendo que los extremos del ADN sean "pegajosos". Lo que realmente ha sucedido es un exceso de al menos unos pocos nucleótidos. Los extremos romos son otro tipo de corte, pero no tienen residuos que sobresalgan.

¿Por qué los extremos pegajosos son pegajosos? Las enzimas de restricción generalmente cortan estos extremos deliberadamente para que cuatro nucleótidos sobresalgan del extremo 5' de la cadena doble. Estos son complementarios a otros salientes y debido a que son menos estables que una región de doble hebra unida y pueden formar enlaces de hidrógeno fácilmente con bases complementarias, son más fáciles de unir con una ligasa.

A continuación se muestra una imagen de los pares de bases que interactúan a través de enlaces H.

La "sustancia" son los enlaces de hidrógeno (enlaces H), o más bien el potencial para formarlos. Cada una de las bases A/T no apareadas en los extremos cohesivos tiene el potencial de formar 2 enlaces H con un T/A complementario, y cada una de las bases G/C no apareadas tiene el potencial de formar 3 enlaces H con un C complementario. /GRAMO.

Desde la perspectiva de un biofísico, a menudo se piensa que los enlaces H son las interacciones intermoleculares más fuertes. Personalmente, creo que es un poco perezoso y poco físico ver las cosas de esta manera, pero la opinión predominante en el campo es que los enlaces H determinan la especificidad en todas las interacciones macromoleculares (por ejemplo, la especificidad que hace que una sola hebra de ADN se una principalmente a cadenas complementarias). hebras de ADN y pobremente a hebras de ADN al azar).