Primer diseño con Primer-BLAST

Estoy tratando de diseñar cebadores para la detección de snp de secuenciación de sanger. En el pasado, he usado Primer-BLAST , pero estoy tratando de detectar mutaciones en el codón 12 de KRAS. El problema es que en Primer-BLAST especificas el ID del gen refseq y, por lo tanto, no parece diseñar cebadores fuera del locus del gen. Esto significa que mis cebadores se ubicarán en el SNP. ¿Hay alguna manera de decirle a Primer-BLAST el lugar exacto que estoy tratando de secuenciar? ¿O hay una mejor manera de hacer esto? Gracias.

Respuestas (2)

Puede restringir manualmente los rangos de diseño en la pantalla Primer-BLAST.

ingrese la descripción de la imagen aquí

  1. En primer lugar, debe ingresar la secuencia objetivo. En este caso será NC_000012.12 que corresponde al cromosoma 12 que tiene el gen KRAS.
  2. Debe determinar la posición de la variante que le interesa en ese cromosoma. La variante KRAS G12D -o rs121913529- está en la posición 25245350. Puede encontrar la posición de una variante específica en dbSNP .
  3. Para la secuenciación de Sanger, el tamaño recomendado es de 600 a 1000 pb. Por lo tanto, debemos seleccionar rangos de +/- 300-500 pb aparte de la posición de la variante.
  4. Para la cartilla izquierda elegimos From:25244850 To:25245050; para la imprimación adecuada, elegimos From:25245650 To:25245850. Y luego enviar.
  5. Aquí están los juegos de imprimación que está buscando. :)

ingrese la descripción de la imagen aquí

Entonces, en realidad, por la forma en que formulé la pregunta, esta es la respuesta correcta y agradezco que esto funcione para mí tratando de obtener G12D. Pero el problema al que estoy tratando de llegar también es qué pasa si la variante que estoy tratando de seleccionar está en una de las primeras 100 bases enumeradas en el número de acceso de RefSeq. Entonces, el número 'Desde' de la cartilla debe ser algo así como -350. Se puede hacer esto?
Entiendo tu pregunta. Desafortunadamente, no es posible. Sugiero que en lugar de usar RefSeq ID, puede ingresar una secuencia más grande, como un cromosoma.
sí, eso tiene sentido, eso es algo de lo que pensé. Gracias.

Para la secuenciación de cebadores, siempre he usado esta herramienta con gran eficacia. Puede configurar cuántas bases desea incluir antes de su objetivo y definir cómo dividir exones grandes y configurar no. de bases superpuestas. Creo que esto es lo que pides en tu comentario a la respuesta anterior. http://ihg.gsf.de/ihg/ExonPrimer.html

contento de estar en servicio :)
Primer diseño con Primer-BLAST
RespuestasAquíPolítica de privacidad1y, 0v