¿Cómo determinar cuál es la secuencia de nucleótidos de un gen?

Me he encontrado con algunos genes que muestran diferentes secuencias de nucleótidos en diferentes bases de datos. Luego descubrí que las secuencias son en realidad complemento inverso entre sí. ¿Cómo determino cuál es la secuencia de nucleótidos real de un gen y no la versión del complemento inverso?

Por lo general, la secuencia notificada para un ARNm en NCBI es la hebra con sentido. ¿Puedes dar un ejemplo de un gen cuya secuencia no estés seguro?
Hola @WYSIWYG a continuación se encuentran las secuencias de nucleótidos del gen rplC. The first one is from NCBI, while the second I received from a sequencing company for my strain: >ATCC 19977 R rplC ncbi CTACTTCTCACCTCGCTTGACAGCGGTGCGGACCACAACCAAGCCACCCTTACGTCCGGGGATGGCACCC TTGATCAGCAGTACGCCGTTCTCGGCATCGACCTTGTGCACCACCAGGTTCTGAGTGGTGACGCGATCGC TACCCATACGTCCGGACATCCGGGTGC >M61 S ATGGCAAGAAAAGGAATTCTGGGCACCAAGCTGGGTATGACGCAGGTGTTCGACGACAAC AACCGGGTTGTCCCGGTAACCGTCGTCAAGGCCGGCCCCAATGTGGTGACCCGCATCCGG ACCACCGAGCAGGACGGCTACAGCGCCGTGCAGCTCGCGTATGGCGAGATCAGCCCCCGC AAGGTGACCAAGCCGGTCACCGGTCAGTTCGCCGCCGCGGGC
Es muy importante para mí conocer la secuencia exacta, ya que busco un cambio de nucleótido en una ubicación específica.

Respuestas (2)

Ejecutas una explosión de tu secuencia. Luego explore los resultados y verá un lugar que dice "hebra" y es una indicación de si es más/menos.

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Además, blast tiene una interfaz gráfica en la que verás claramente las bases coincidentes y no coincidentes. Por lo tanto, debería ayudarlo a identificar las diferencias entre las 2 secuencias.

En general, si busca una secuencia de transcripción, estará en la orientación correcta. Si busca un gen basado en coordenadas genómicas, puede que no lo sea.

No podemos decirle por qué su primera secuencia está en la orientación incorrecta de lo que pegó.

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