Entiendo que la identificación de secuencias quiméricas se realiza en los resultados de los proyectos de secuenciación para eliminarlos y mejorar la calidad del resultado. No estoy seguro de cómo aparecen durante la secuenciación. Cualquier explicación es apreciada.
Las secuencias quiméricas aparecen mucho en los proyectos de secuenciación y siempre hay que estar atento a ellas. Aparecen mucho por un par de razones.
En primer lugar, los secuenciadores no son perfectos y generan secuencias con errores. También producen una gran cantidad de datos, pero a menudo no lo suficiente. Por lo general, hay puntos delgados en el ensamblaje de la secuencia, regiones que no se cubren muy bien.
Cuando un error de secuencia coincide con una brecha en la secuencia, los dos extremos de una alineación de secuencia pueden alinearse con dos segmentos de secuencia no relacionados o distantes, creando un conjunto de alineación que tiene dos porciones no relacionadas: una quimera.
Este es especialmente el caso en las ejecuciones de EST y RnaSeq, donde las secuencias de andamiaje largas y una mayor cobertura podrían no ayudar tanto. También tiene un impacto en la secuenciación cromosómica. Existe cierto interés en la frecuencia con la que se incluye el ADN contaminante en el resultado de la secuenciación .
Mi comprensión de las secuencias quiméricas es que se producen como resultado de la inserción de dos ADNc diferentes (generalmente de diferentes especies) en una columna vertebral como pUAST para producir una proteína que es en parte de una especie y en parte de otra especie. A veces, desea hacer esto porque, por ejemplo, el ligando para un receptor en, digamos, Drosophila es muy difícil de producir, pero el ligando para el receptor de mamíferos está fácilmente disponible, por lo que lo que hacen los científicos es unir el ADNc humano correspondiente al lado extracelular de el receptor a la porción intercelular de Drosophila del receptor de Drosophila. Ahora puede activar intracelularmente un receptor de Drosophila usando un ligando humano para un receptor. Ahora bien, nunca he visto ni oído hablar de secuencias quiméricas in vivo y eso simplemente no Parece posible, pero lo que imagino que puede suceder al ver los datos de secuenciación de una especie que no son secuencias completas es que los motores de búsqueda digan que una secuencia en particular es de una especie diferente que usted ha secuenciado. Esto se debe a que la base de datos intentará encontrar la coincidencia más cercana a la secuencia. NCBI BLAST, por ejemplo, puede hacer esto, pero por lo general le da una coincidencia/probabilidad de secuencia porcentual. De lo contrario, no estoy seguro de lo que quiere decir con la palabra proyectos de secuenciación. ¿Podría proporcionar un ejemplo/referencia? NCBI BLAST, por ejemplo, puede hacer esto, pero por lo general le da una coincidencia/probabilidad de secuencia porcentual. De lo contrario, no estoy seguro de lo que quiere decir con la palabra proyectos de secuenciación. ¿Podría proporcionar un ejemplo/referencia? NCBI BLAST, por ejemplo, puede hacer esto, pero por lo general le da una coincidencia/probabilidad de secuencia porcentual. De lo contrario, no estoy seguro de lo que quiere decir con la palabra proyectos de secuenciación. ¿Podría proporcionar un ejemplo/referencia?
terdón
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